结论：仅凭二审上诉法院只发了一条短信通知交诉讼费，没有发催交通知这一情况，不能直接认定程序违法，但该通知方式可能存在一定瑕疵，是否构成程序违法需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

从法律规定角度

根据《诉讼费用交纳办法》等相关法律法规，对于诉讼费用的交纳，法院有告知当事人交纳诉讼费用的义务，但并没有明确规定必须以何种具体形式进行催交。一般来说，法院会通过书面通知等方式告知当事人交纳诉讼费用，不过随着信息化发展，短信通知等便捷方式也逐渐被采用。所以，仅因为没有发催交通知，不能直接认定法院程序违法，因为法律没有强制要求必须发送催交通知这一特定形式。

从通知有效性角度

1. 短信通知有效的情况：如果法院发送的短信内容明确、具体，包含了交纳诉讼费用的金额、期限、交纳方式等关键信息，并且能够证明该短信已经成功送达当事人（例如有短信发送成功的记录等），那么这种短信通知方式是可以视为有效通知的。在这种情况下，即使没有额外的催交通知，也不影响当事人知晓并履行交纳诉讼费用的义务，程序上不存在违法问题。
2. 短信通知可能无效的情况：如果短信内容模糊不清，没有明确告知交纳诉讼费用的关键信息，或者无法证明短信已经成功送达当事人（例如当事人声称没有收到短信，且法院无法提供短信送达的证据），那么这种通知方式可能存在问题。在这种情况下，当事人可能因为未收到有效通知而未能按时交纳诉讼费用，法院的程序可能存在瑕疵，但也不一定直接构成程序违法，还需要结合其他因素综合判断。

从对当事人权利影响角度

1. 未影响当事人权利的情况：如果当事人实际上已经知晓需要交纳诉讼费用，并且按时交纳了费用，没有因为未收到催交通知而遭受任何损失或影响其诉讼权利的行使，那么即使法院没有发催交通知，也不宜认定为程序违法。因为程序违法的认定通常需要考虑是否对当事人的实体权利或诉讼权利产生了实质性影响。
2. 影响当事人权利的情况：如果当事人因为未收到催交通知，错过了交纳诉讼费用的期限，导致其上诉被按撤回处理等不利后果，损害了当事人的上诉权等诉讼权利，那么法院的程序可能存在违法问题。在这种情况下，当事人可以依法提出异议或申请救济，法院应当对相关程序问题进行审查并作出处理。

建议：如果你认为法院的通知方式存在问题，或者因为未收到有效通知而遭受了不利后果，你可以及时与法院沟通，说明情况并提供相关证据。如果对法院的处理结果不满意，还可以在法定期限内依法向上级法院反映或寻求其他法律救济途径。如果你还有其他关于交通违章等交通运输领域的法律问题，欢迎随时向我咨询。