审计发现串通投标一般由行政监督部门或司法机关来认定。以下从不同角度为你详细分析：

行政监督部门认定

在招投标活动中，行政监督部门（如各地的招投标管理办公室、相关行业主管部门等）承担着对招投标过程进行监管的职责。当审计部门在审计过程中发现可能存在串通投标的线索时，会将相关情况移交给行政监督部门。行政监督部门会依据《中华人民共和国招标投标法》、《中华人民共和国招标投标法实施条例》等法律法规，对涉嫌串通投标的行为展开调查。

调查过程中，行政监督部门会收集各种证据，包括但不限于投标文件、开标记录、评标报告、相关人员的询问笔录等。如果经过调查，行政监督部门认为有充分的证据证明存在串通投标行为，会依法作出认定，并对相关责任主体进行处罚，如罚款、没收违法所得、取消一定期限内参加依法必须进行招标的项目的投标资格等。

举例：某市政府采购项目，审计部门在审计时发现两家投标公司的投标文件存在大量相似内容，且报价呈现规律性差异。审计部门将此情况移交给当地的招投标管理办公室，该办公室经过调查，收集了两家公司的投标文件、询问了相关项目负责人等，最终认定这两家公司存在串通投标行为，并对它们分别处以罚款和取消一年内参加政府采购项目投标资格的处罚。

司法机关认定

如果串通投标行为涉嫌犯罪，那么司法机关将介入进行认定。当审计部门或行政监督部门在调查过程中发现串通投标行为可能触犯刑法，如构成串通投标罪时，会将案件移送给公安机关。公安机关会依法进行立案侦查，收集证据，查明事实。

检察机关会对公安机关移送的案件进行审查，如果认为证据确实、充分，构成犯罪的，会依法提起公诉。法院则会根据检察机关的指控和双方提供的证据，依据刑法的相关规定，对是否构成串通投标罪进行审理和判决。如果法院认定构成串通投标罪，会对相关责任人处以刑罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。

举例：在一个大型工程建设项目招投标中，审计发现几家投标公司相互串通，通过不正当手段操纵投标价格，损害了其他投标人的利益，且涉案金额巨大。行政监督部门将案件移送给公安机关，公安机关经过侦查，收集了充分的证据，检察机关提起公诉后，法院经审理认定这几家公司及相关责任人构成串通投标罪，对主要责任人判处了有期徒刑和罚金。

在实际操作中，如果遇到审计发现串通投标的情况，相关方应积极配合行政监督部门或司法机关的调查，提供必要的资料和信息。如果你有关于串通投标认定或相关法律纠纷的具体问题，可以直接向我咨询。