结论：未取得建筑工程施工许可证擅自施工的处罚，是按照施工合同价款来计算罚款的，而非投资金额。具体来说，对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下的罚款，对施工单位则处3万元以下的罚款。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，将被责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，并可以处以罚款。
   • 《建筑工程施工许可管理办法》第十二条进一步明确了处罚措施，对于未取得施工许可证或者为规避办理施工许可证将工程项目分解后擅自施工的，由有管辖权的发证机关责令停止施工，限期改正，并对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下的罚款，对施工单位处3万元以下的罚款。

2. 罚款计算方式：

   • 建设单位：罚款数额为工程合同价款的1%至2%。这意味着，如果施工合同价款为1000万元，那么建设单位可能面临的罚款范围就是10万元至20万元。
   • 施工单位：罚款数额为固定值，即3万元以下。无论施工合同价款多少，施工单位的罚款都不会超过这个限额。

3. 特殊情况考虑：

   • 如果建设单位采用欺骗、贿赂等不正当手段取得施工许可证，那么处罚将更为严厉。原发证机关将撤销施工许可证，责令停止施工，并对建设单位处以工程合同价款2%以上4%以下的罚款。若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
   • 对于一些小型工程或特殊情况，部分地区可能有相应的豁免政策或简化程序。但一般来说，工程投资额在30万元以上或者建筑面积在300平方米以上的建筑工程，都必须申请办理施工许可证。

4. 实际执行与建议：

   • 在实际执法过程中，各地建设行政主管部门会根据违法行为的情节轻重、危害后果等因素，在法定的处罚幅度内进行具体裁量。因此，即使两个工程的施工合同价款相同，由于具体情况的不同，罚款数额也可能有所差异。
   • 为避免不必要的法律风险和经济损失，建议所有建设单位和施工单位在建筑施工前务必确保已经取得了合法的施工许可证。如果因特殊情况无法及时取得施工许可证，应及时与相关部门沟通并说明情况，以寻求合法的解决方案。

总结与建议：未取得建筑工程施工许可证擅自施工是严重的违法行为，将面临严厉的法律处罚。这些处罚不仅涉及经济罚款，还可能影响单位的信用记录和业务发展。因此，各建设单位和施工单位应高度重视施工许可证的申请与办理工作，确保工程项目的合法合规进行。如果你或你的企业面临此类问题或案件，可以直接向我咨询，以便更准确地了解可能面临的法律责任和后果。