对于政府投资项目未取得施工许可证擅自施工的，将面临责令停止施工、限期改正以及罚款等处罚。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国建筑法》第六十四条：

   • 违反本法规定，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，可以处以罚款。

2. 《建筑工程施工许可管理办法》第十二条：

   • 对于未取得施工许可证或者为规避办理施工许可证将工程项目分解后擅自施工的，由有管辖权的发证机关责令停止施工，限期改正，对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款；对施工单位处3万元以下罚款。

二、处罚措施

1. 责令停止施工：

   • 相关部门会要求立即停止施工活动，以防止违规行为的继续进行。

2. 限期改正：

   • 要求在规定的时间内补办施工许可证或其他相关手续，确保工程项目的合法性。

3. 罚款：

   • 对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下的罚款；
   • 对施工单位处3万元以下的罚款。
   • 具体罚款数额的计算公式：
     • 建设单位罚款 = 工程合同价款 × (1%至2%)
     • 施工单位罚款 = 固定数额（3万元以下，具体数额由主管部门决定）

三、特殊情况考虑

• 如果因发证机关及其工作人员的原因导致建设单位未能及时取得施工许可证而施工，建设单位和施工单位将不会受到上述罚款处罚。但这并不意味着可以随意违规，发证机关仍需承担信息公开和程序透明的责任。

四、实际执行与建议

1. 实际执行：

   • 具体的罚款数额及其他处罚形式（如责令停工等）将由相关主管部门根据实际情况决定。因此，在实际操作中，违规者可能会面临多样化的处罚措施。

2. 建议：

   • 为避免不必要的法律风险和经济损失，建议严格遵守相关法律法规，按照规定程序申请施工许可证。
   • 在申请施工许可证前，应确保工程项目的合法性和合规性，包括但不限于土地使用权、规划许可等。
   • 如果对施工许可证的申请流程或相关法律法规有疑问，可以及时咨询相关部门或专业律师，以确保工程项目的顺利进行。

政府投资项目未取得施工许可证擅自施工是严重的违法行为，将面临严厉的法律处罚。因此，各建设单位和施工单位应高度重视施工许可证的申请与办理工作，确保工程项目的合法合规进行。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。