工伤主体责任的认定通常由工伤保险部门负责，但在涉及劳动争议时，仲裁机构也会参与处理相关争议。具体分析如下：

1. 工伤保险部门的职责
   根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤保险部门（如社保局）负责工伤认定的行政程序。其核心职责包括：

   • 受理工伤认定申请（用人单位或劳动者均可提出）；
     
   • 调查事故事实（如工作时间、地点、原因等）；
     
   • 作出是否认定为工伤的书面决定。
     若用人单位未依法缴纳工伤保险，工伤保险部门虽不直接承担赔偿责任，但会通过行政手段督促用人单位履行义务，或指导劳动者通过法律途径维权。

2. 仲裁机构的角色
   劳动争议仲裁委员会（仲裁机构）主要处理以下与工伤相关的争议：

   • 主体责任争议：如劳动者与用人单位就“是否构成劳动关系”“是否应由用人单位承担工伤赔偿责任”等产生分歧；
     
   • 赔偿标准争议：如对工伤待遇（如停工留薪期工资、伤残补助金等）的数额或计算方式存在争议；
     
   • 程序衔接争议：如用人单位对工伤保险部门的认定结果不服，可能引发行政复议或诉讼，而仲裁机构可能在此过程中处理相关民事争议。
     注意：仲裁机构不直接认定工伤，但会以工伤保险部门的认定结论作为裁决依据之一。

3. 关键区分点

   • 行政认定 vs 司法/仲裁裁决：工伤认定是行政行为，由工伤保险部门主导；仲裁裁决是民事争议解决方式，需基于双方举证和法律适用。
     
   • 程序顺序：通常需先完成工伤认定，再通过仲裁或诉讼解决赔偿争议（除非用人单位自愿承担责任）。
     
   • 例外情形：若用人单位否认劳动关系（如主张存在劳务关系、承包关系等），则需先通过仲裁或诉讼确认劳动关系，再申请工伤认定。

建议：若您面临工伤主体责任争议，可按以下步骤处理：

1. 向当地工伤保险部门申请工伤认定；
   
2. 若用人单位否认责任或对赔偿有异议，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；
   
3. 对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼。
   

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