核心结论：职务侵占人将名下房产交单位作赔偿单位损失，需通过合法、规范的流程办理，包括签订赔偿协议、办理房产过户手续等，同时要注意防范法律风险。以下是具体说明：

一、办理流程

1. 协商与签订赔偿协议

   • 职务侵占人与单位应就赔偿事宜进行充分协商，明确赔偿的金额、方式（即以房产赔偿）、房产的具体信息（如地址、面积、产权证号等）等关键条款。
   • 双方应签订书面的赔偿协议，协议中应详细载明上述内容，并由双方签字或盖章确认。赔偿协议是后续办理房产过户等手续的重要依据。

2. 办理房产过户手续

   • 根据赔偿协议的约定，职务侵占人应配合单位办理房产的过户手续。这通常包括准备相关的过户材料（如房产证、身份证、赔偿协议等）、缴纳过户税费、到房地产登记机构办理过户登记等。
   • 在办理过户手续过程中，双方应确保所有材料的真实性和合法性，避免出现虚假材料或隐瞒重要信息的情况。

3. 完成赔偿并确认

   • 房产过户完成后，单位应确认收到赔偿，并出具相应的收据或确认函。这有助于明确双方的权利义务关系，避免后续产生纠纷。

二、法律风险防范

1. 确保赔偿协议的合法性

   • 赔偿协议应符合法律法规的规定，不得违反公序良俗或损害国家、集体、第三人的利益。否则，协议可能被认定为无效或可撤销。
   • 双方在签订赔偿协议前，应充分了解相关法律法规的规定，确保协议内容的合法性和有效性。

2. 注意房产过户的税费问题

   • 房产过户涉及多种税费，如契税、个人所得税等。双方在办理过户手续前，应了解并计算好相关税费，确保按时足额缴纳。
   • 避免因税费问题导致过户手续受阻或产生额外的经济负担。

3. 保留相关证据和文件

   • 在整个赔偿过程中，双方应保留好所有相关的证据和文件，如赔偿协议、房产证、过户税费缴纳凭证等。这些证据和文件在后续可能产生的纠纷中具有重要的证明作用。

三、特殊情况处理

• 如果职务侵占人名下的房产存在抵押、查封等限制转让的情况，双方应先解除这些限制，确保房产能够顺利过户给单位。
• 如果职务侵占人因涉嫌犯罪已被采取刑事强制措施，单位在接受房产赔偿时，应确保赔偿行为不会干扰刑事诉讼的进行，并咨询专业律师的意见以规避潜在风险。

温馨提示：在整个办理过程中，建议双方保持沟通顺畅，及时解决可能出现的问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。