软件著作权合作开发协议中，明确规定权益比例是必要且重要的，但并非绝对强制要求，不过从风险防控和合作顺利推进的角度，建议明确约定。以下从不同角度为你详细分析：

从法律规定的角度

根据《计算机软件保护条例》第十条规定，由两个以上的自然人、法人或者其他组织合作开发的软件，其著作权的归属由合作开发者签订书面合同约定。若无书面合同或者合同未作明确约定，合作开发的软件可以分割使用的，开发者对各自开发的部分可以单独享有著作权；但是，行使著作权时，不得扩展到合作开发的软件整体的著作权。合作开发的软件不能分割使用的，其著作权由各合作开发者共同享有，通过协商一致行使；不能协商一致，又无正当理由的，任何一方不得阻止他方行使除转让权以外的其他权利，但所得收益应当合理分配给所有合作开发者。

由此可见，法律并没有强制要求合作开发协议中必须明确权益比例，但如果未约定，在后续软件使用、收益分配等方面可能会引发争议。例如，若软件不能分割使用，各方对于收益如何分配可能各执一词，导致合作陷入僵局甚至对簿公堂。

从合作实践的角度

1. 明确权益比例有利于保障各方权益：在合作开发软件过程中，各方投入的人力、物力、财力以及技术等资源可能不同。明确权益比例可以确保各方根据自身的投入获得相应的回报，避免出现不公平的情况。比如，甲方投入了大量的资金用于研发设备的购置，乙方则提供了核心的技术和研发人员，如果协议中明确规定了甲方和乙方按照一定的比例享有软件著作权及相关收益，那么双方在合作过程中就会更有动力和保障。
2. 有助于避免合作纠纷：清晰的权益比例约定可以减少合作过程中的不确定性和争议。在软件开发过程中，可能会出现各种问题，如开发进度延迟、技术难题等。如果各方对权益比例有明确的约定，那么在处理这些问题时就可以更加客观和公正，避免因为权益问题而产生矛盾和纠纷。例如，若因一方原因导致开发进度延迟，影响了软件的上市时间和收益，根据权益比例约定，受损方可以要求责任方承担相应的责任。
3. 便于软件的后续运营和管理：明确的权益比例可以为软件的后续运营和管理提供便利。在软件的推广、销售、升级等过程中，需要各方共同协作。如果权益比例明确，各方在决策时就可以根据自己的权益份额行使相应的权利，提高决策效率。比如，在决定是否对软件进行升级时，各方可以根据自己的权益比例和预期收益来决定是否投入资金和资源。

若未约定权益比例可能面临的后果

1. 收益分配争议：如前面所述，若软件不能分割使用且未约定权益比例，在软件产生收益时，各方可能无法就收益分配达成一致，从而引发纠纷。这不仅会影响各方的经济利益，还可能损害软件的声誉和市场形象。
2. 著作权行使受限：在没有明确权益比例的情况下，各方在行使著作权时可能会受到限制。例如，一方想要将软件进行转让或许可他人使用，但其他方可能以未协商一致为由进行阻止，导致软件无法充分发挥其价值。

建议

为了避免上述问题的发生，在签订软件著作权合作开发协议时，建议明确约定权益比例。具体约定时，可以考虑以下因素：

1. 各方的投入：包括资金、技术、人力、设备等方面的投入。投入越多的一方，可以适当提高其权益比例。
2. 风险承担：在软件开发过程中，各方承担的风险可能不同。承担风险较大的一方，可以在权益比例上得到一定的补偿。
3. 预期收益：根据各方对软件预期收益的评估，合理确定权益比例。如果一方对软件的预期收益较高，且愿意承担相应的风险和投入，那么可以适当提高其权益比例。

如果你在软件著作权合作开发协议的签订过程中还有其他疑问，或者需要进一步的法律帮助，欢迎随时向我咨询。