公司之间相互借款可以通过以下方式确保合法性：

1. 签订书面借款合同
   根据《民法典》第六百六十七条，借款合同应当采用书面形式（自然人之间借款另有约定的除外）。合同中需明确约定借款金额、用途、利率、还款期限、违约责任等核心条款，避免因约定模糊引发纠纷。例如，若未约定利息，则视为无息借款；若约定利率超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍，超出部分可能被认定为无效。

2. 遵守金融监管规定

   • 非金融企业间借贷的合法性边界：根据最高人民法院相关司法解释，企业间为生产经营需要临时性资金拆借且未违反金融监管规定的，可认定为有效。但若以借贷为常业、套取金融机构信贷资金转贷、或向社会公众发放贷款，则可能涉嫌非法经营或高利转贷罪。
     
   • 关联企业借贷的特殊要求：若借贷双方存在关联关系（如母子公司），需确保交易价格公允（如利率符合市场水平），避免被认定为利用关联交易损害公司利益或逃避税收。

3. 履行公司内部决策程序

   • 股东会/董事会决议：根据《公司法》第十六条，公司为他人提供担保或向其他企业投资需经股东会或董事会决议（具体程序依公司章程而定）。若借款涉及大额资金或可能影响公司偿债能力，建议履行相应决策程序并留存书面记录，避免因程序瑕疵导致合同效力争议。
     
   • 信息披露义务：上市公司或需公开财务信息的公司，需按监管要求披露关联交易或重大借款事项，否则可能面临行政处罚或股东诉讼。

4. 合规使用借款资金
   借款用途需符合法律法规及合同约定。例如，不得将借款用于非法活动、偿还赌债或违反国家产业政策的项目。若借款人未按约定用途使用资金，出借方有权提前收回借款并要求赔偿损失。

5. 税务合规处理

   • 增值税：企业间借款利息收入需按“金融服务-贷款服务”缴纳增值税（一般纳税人税率为6%，小规模纳税人为3%）。
     
   • 企业所得税：利息支出需取得合法票据（如增值税发票）方可税前扣除，且利率需符合独立交易原则（即不高于同期同类贷款利率）。
     
   • 印花税：借款合同需按“借款合同”税目缴纳印花税（税率为万分之零点五）。

风险提示：若公司间借贷涉及以下情形，可能面临法律风险：

• 频繁拆借资金被认定为“名为借贷，实为联营”或“虚假交易”；
  
• 借款方无力偿还导致出借方资产损失；
  
• 未履行担保程序导致出借方无法优先受偿。
  

如有具体交易结构或合同条款需要审查，可直接向我咨询，我会结合实际情况提供进一步建议。