商家擅自作废已开具的发票属于违法行为，具体分析如下：

1. 违反发票管理规定
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。商家在已向消费者交付发票后，未经消费者同意擅自作废，属于未按规定开具发票的行为，可能面临税务机关责令改正、罚款（最高1万元）等行政处罚。

2. 侵害消费者合法权益
   发票是消费者维权的重要凭证（如退换货、保修、投诉等）。商家擅自作废发票可能导致消费者无法证明交易真实性，间接损害其合法权益。根据《消费者权益保护法》第八条，消费者享有知悉其购买商品或接受服务真实情况的权利，发票作废行为可能构成对这一权利的侵害。

3. 可能涉及偷逃税款
   若商家通过作废发票隐瞒真实交易金额，减少应纳税额，则涉嫌偷税漏税。根据《税收征收管理法》第六十三条，税务机关将追缴税款、加收滞纳金，并处不缴或少缴税款50%至5倍的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

建议处理方式：

• 消费者可要求商家重新开具合法发票，或向当地税务机关举报（拨打12366纳税服务热线）；
  
• 若因发票作废导致权益受损（如无法享受售后服务），可依据《消费者权益保护法》第三十九条向市场监管部门投诉或通过诉讼维权。
  

如有进一步细节（如商家作废发票的具体原因、是否涉及金额隐瞒等），可补充说明以便更精准分析。