员工缺勤时，公司扣除工资的金额需依据公司规章制度、劳动合同约定及法律法规来确定，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。以下是对此问题的详细分析：
一、公司规章制度与劳动合同约定
公司规章制度：
- 大多数公司会制定详细的考勤管理制度，明确员工缺勤的扣款标准和流程。这些制度通常会在员工入职时通过培训或手册的形式告知员工，并作为劳动合同的附件或组成部分。
- 示例：若公司规定事假每天扣除日工资的100%，则员工请事假时，将按此标准扣除工资。
劳动合同约定：
- 劳动合同中可能包含关于缺勤扣款的条款，明确扣款的比例、基数和条件。如果劳动合同中有明确规定，则按照合同约定执行；如果没有明确规定，则需参考公司规章制度或相关法律法规。
- 示例：劳动合同中约定旷工每天扣除日工资的200%，并附加纪律处分，则员工旷工时，将按此标准扣除工资并接受处分。
二、缺勤类型与扣款原则
事假：
- 员工因个人原因请事假，通常会被扣除相应的岗位工资。扣款比例和基数由公司规章制度或劳动合同约定，一般按天计算，扣除当天或相应天数的工资。
- 计算公式：应扣工资 = 日工资 × 事假天数
- 示例：员工月工资6000元，日工资约为275.86元（6000元 ÷ 21.75天），请事假3天，则应扣827.58元。
病假：
- 员工因病请假，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，在规定的医疗期内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。病假工资的支付标准可能低于正常出勤的工资，但不得低于当地最低工资标准的80%。
- 示例：当地最低工资标准为2000元/月，员工病假期间工资不得低于1600元/月。
旷工：
- 员工无故旷工，公司有权按照规章制度进行更严厉的处罚，包括扣除更多的工资甚至解除劳动合同。旷工期间的工资通常不予支付，且可能面临额外的罚款或纪律处分。
- 计算公式：应扣工资 = 日工资 × 旷工天数 + 额外处罚金额（如有）
- 示例：员工月工资8000元，日工资约为367.82元（8000元 ÷ 21.75天），旷工2天且被罚当日工资的50%，则应扣1471.28元。
其他缺勤情况：
- 如迟到、早退等，也可能根据公司规章制度被扣除部分工资或绩效分数。具体扣款标准需参考公司规定。
三、法律法规约束
最低工资标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和相关法规，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。因此，即使员工缺勤，扣除后的工资也不得低于最低工资标准（若适用病假工资等特殊规定则另当别论）。
合法性与合理性：
- 公司制定的缺勤扣款制度必须合法合规，不得侵犯员工的合法权益。扣款金额和方式应合理公正，避免过度惩罚或歧视性待遇。
四、特殊情况处理
跨法定节假日缺勤：
- 法定节假日为带薪休假日，不应计入缺勤天数。因此，在计算缺勤扣款时，需排除法定节假日。
集体合同或劳动合同特别约定：
- 若集体合同或劳动合同中有特别约定，且不违反法律法规，应按约定执行。例如，某些行业或岗位可能有特殊的考勤和工资支付规定。
五、建议与注意事项
了解公司规章制度：
- 员工在入职时应仔细阅读并了解公司的考勤管理制度和工资支付规定，以便在缺勤时知道如何计算扣款。
保留相关证据：
- 如因病请假，应保留医院出具的病假证明；如因事请假，应提前向公司申请并获得批准。这些证据有助于在发生纠纷时维护自己的权益。
及时沟通与协商：
- 如对缺勤扣款有异议，应及时与公司沟通并协商解决。如协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结：员工缺勤时，公司扣除工资的金额需依据公司规章制度、劳动合同约定及法律法规来确定。在计算扣款时，需考虑缺勤类型、日工资标准、最低工资标准等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。