上市公司副总经理辞职后，其持有的股票处理方式及影响主要取决于股票性质、公司章程规定及相关法律法规，具体分以下几种情况：

1. 限售股（未解禁的股权激励股票或原始股）
   若副总经理持有的股票属于限售股（如未解禁的股权激励股票或原始股），根据《公司法》《证券法》及《上市公司股权激励管理办法》等规定，其离职后通常需按以下方式处理：

   • 强制回购或转让：公司章程或股权激励计划可能约定，离职后限售股需由公司或指定第三方按约定价格回购，或转让给其他符合条件的员工。
     
   • 解禁限制：若股票已部分解禁，未解禁部分仍需遵守原定限售期（如离职后6个月至3年内不得转让），具体期限以公司章程或协议为准。
     
   • 信息披露义务：副总经理作为高管，离职后仍需履行信息披露义务，若在限售期内违规减持，可能面临证监会处罚（如罚款、市场禁入等）。

2. 已解禁的流通股
   若股票已解禁且可自由交易，副总经理离职后处理方式如下：

   • 自愿减持：可按市场价格自由减持，但需遵守《证券法》及交易所规则（如减持比例限制、提前公告等）。例如，大股东（持股5%以上）减持需提前15个交易日公告，且每90日内减持不超过总股本1%。
     
   • 短线交易限制：若副总经理在离职前6个月内曾买入公司股票，离职后6个月内不得卖出，否则构成短线交易，所得收益归公司所有。
     
   • 内幕交易风险：离职后仍需遵守内幕交易禁令（如利用未公开重大信息买卖股票），否则可能面临刑事责任。

3. 特殊情形：竞业限制与股票归属

   • 若副总经理与公司签订竞业限制协议，且协议约定股票归属与竞业限制履行挂钩（如未履行竞业义务则股票归属公司），则离职后需按协议执行。
     
   • 若股票属于“业绩对赌”或“服务期”激励（如需满足一定年限或业绩条件才能完全归属），离职后未满足条件的股票可能被公司收回。

建议与风险提示：

• 副总经理离职前应仔细审查公司章程、股权激励计划及竞业限制协议，明确股票处理规则。
  
• 减持时需严格遵守信息披露、减持比例等规定，避免违规风险。
  
• 若对股票处理方式有争议，可依据协议约定或《公司法》第142条（股份回购情形）等法律主张权利。
  

如有具体案例或协议条款需要分析，可直接向我咨询，我会结合细节进一步解答。