结论：自然资源局要求拆除房屋并重新测量，这一行为是否合法，需结合具体情况判断，但在房屋面积与证件不符且可能涉及违法建设的情况下，自然资源局有权要求重新测量并依法处理。以下从多个角度详细分析：
一、红本与土地证面积不一致的法律背景
红本（房产证）与土地证的性质：
- 红本，即房产证，是房屋所有权的法律凭证，记载了房屋的建筑面积、用途、位置等信息。
- 土地证，是土地使用权的法律凭证，记载了土地的使用面积、用途、期限等信息。
面积不一致的可能原因：
- 测量误差：在办理证件时，由于测量技术或方法的不同，可能导致房产证和土地证上的面积存在差异。
- 违法建设：房屋在建设过程中，可能超出了土地证规定的面积范围，导致实际面积与证件不符。
- 证件更新滞后：随着房屋的改建、扩建，房产证或土地证可能未及时更新，导致面积信息不一致。
二、自然资源局要求拆除并重新测量的合法性
法律依据：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，自然资源局（或原国土资源局、规划局等）作为城乡规划的主管部门，有权对违法建设行为进行查处。
- 如果房屋面积与土地证不符，且涉嫌违法建设，自然资源局有权要求拆除违法部分或进行整改，并重新测量以确认合法面积。
合法性判断：
- 若房屋建设符合规划：如果房屋建设完全符合城乡规划要求，且面积差异是由于测量误差或证件更新滞后导致的，自然资源局要求拆除房屋的行为可能不合法。此时，应通过更正证件信息或协商解决面积差异问题。
- 若房屋建设违法：如果房屋建设超出了土地证规定的面积范围，或未取得相关建设许可，则属于违法建设。在这种情况下，自然资源局有权要求拆除违法部分或进行整改，并重新测量以确认合法面积。这是其依法履行职责的行为，具有合法性。
三、应对建议
核实情况：
- 首先，应核实房屋面积与土地证、房产证上的面积差异情况，以及是否存在违法建设行为。
- 可以查阅相关建设许可、规划文件等资料，以确认房屋建设的合法性。
与自然资源局沟通：
- 如果认为自然资源局的要求不合理或存在争议，可以与其进行沟通，说明情况并提供相关证据。
- 尝试通过协商解决面积差异问题，避免不必要的拆除和重建。
寻求法律帮助：
- 如果沟通无果或认为自然资源局的行为侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律帮助。
- 作为专业律师，我可以根据具体情况提供法律咨询和辩护服务，帮助维护你的合法权益。
四、可能的法律后果
若房屋建设合法：
- 如果房屋建设完全合法，且面积差异是由于非主观原因导致的，自然资源局的要求可能被撤销或修改。
- 你可能不需要承担拆除和重建的费用，但需要配合相关部门进行证件信息的更正。
若房屋建设违法：
- 如果房屋建设违法，你可能需要承担拆除违法部分或进行整改的费用。
- 还可能面临罚款、没收违法所得等行政处罚。
- 在极端情况下，如果违法建设行为严重，还可能涉及刑事责任。
最后，面对自然资源局要求拆除房屋并重新测量的决定，建议你首先核实房屋建设的合法性，并与自然资源局进行沟通。如果存在争议或认为自己的权益受到侵犯，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供法律帮助。