结论：大工厂和大公司在进行背景调查时，有可能查出员工是否有案底，但具体能否查出以及查出的范围，会受到多种因素的影响。

一、背景调查的内容与范围

背景调查通常包括对员工的教育背景、工作经历、职业资格、信用记录以及犯罪记录等方面的核实。其中，犯罪记录（即案底）的查询是背景调查中较为敏感且受法律严格限制的一部分。

二、查询犯罪记录的法律依据与限制

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，犯罪记录信息属于个人隐私，受到法律保护。
   • 查询犯罪记录通常需要遵循严格的法律程序，并获得相关部门的批准。

2. 限制条件：

   • 查询主体：并非所有单位或个人都有权查询犯罪记录。通常，只有公安机关、检察机关、审判机关等司法机关，以及部分特定行业（如金融、教育、医疗等）的用人单位，在符合法定条件的情况下，才能查询员工的犯罪记录。
   • 查询程序：查询犯罪记录需要遵循一定的程序，如提交书面申请、提供相关证明材料等。未经法定程序，不得随意查询。
   • 信息保密：即使能够查询犯罪记录，相关单位也必须严格保密，不得泄露给无关人员或用于非法目的。

三、大工厂和大公司查询犯罪记录的可能性

1. 特定行业要求：

   • 如果大工厂或大公司属于特定行业（如化工、制药、金融等），且该行业对员工的犯罪记录有明确要求（如无犯罪记录证明），那么这些单位在招聘时可能会要求员工提供犯罪记录证明或进行背景调查以核实其犯罪记录情况。

2. 内部规章制度：

   • 即使不属于特定行业，大工厂或大公司也可能根据自身的管理需要，制定内部规章制度，要求员工在入职时提供无犯罪记录证明或进行背景调查。但这种情况下，查询犯罪记录的范围和程序可能受到更严格的限制。

3. 委托第三方机构：

   • 大工厂或大公司可能会委托专业的背景调查机构对员工进行背景调查。这些机构通常具有更专业的调查手段和更广泛的调查渠道，但同样需要遵循法律程序和保密要求。

四、员工应如何应对

1. 了解法律规定：

   • 员工应了解查询犯罪记录的法律规定和限制条件，以便在面对背景调查时能够维护自己的合法权益。

2. 如实提供信息：

   • 如果员工确实有犯罪记录，且该记录属于应当披露的范围（如特定行业要求或内部规章制度规定），那么员工应如实提供相关信息，避免隐瞒或虚假陈述带来的法律风险。

3. 保护个人隐私：

   • 员工有权保护自己的个人隐私不受侵犯。如果用人单位或背景调查机构未经法定程序查询员工的犯罪记录或泄露相关信息，员工可以依法维护自己的权益。

建议：如果您对大工厂或大公司的背景调查有疑问或担忧，或者您想了解自己的犯罪记录是否会被查询以及如何应对，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。