若发现招标文件中的加分项不符合法律法规要求，应当及时采取措施纠正，具体处理方式如下：

1. 初步核实与证据固定
   首先需对招标文件中涉嫌违法的加分项进行详细核实，确认其是否违反《招标投标法》《政府采购法》及相关实施条例（如《招标投标法实施条例》第十六条、第三十二条）。例如，加分项若存在“以特定行政区域或特定行业的业绩、奖项作为加分条件”等歧视性条款，则涉嫌违法。此时应保存招标文件原文、相关法律法规条文作为证据。

2. 分情况处理

   • 若招标尚未开标：
     可向招标人提出书面异议（依据《招标投标法》第六十五条），明确指出加分项违法之处并要求修改。若招标人拒绝，可向行政监督部门（如发改委、财政部门）投诉（依据《招标投标法实施条例》第六十条），投诉时需提交异议回复文件、违法条款截图等材料。
     
   • 若已开标但未定标：
     仍可按上述流程提出异议和投诉，同时可要求招标人暂停定标程序，避免违法条款影响中标结果。若投诉被受理，行政监督部门将责令改正，可能导致重新招标或调整中标结果。
     
   • 若已定标并签订合同：
     可依据《民法典》第一百五十三条主张合同因违法条款无效（如加分项导致不公平竞争），但需注意此时诉讼风险较高，需充分证明加分项与合同签订的因果关系。建议优先通过行政投诉解决。

3. 法律风险防范
   招标人若设置违法加分项，可能面临行政处罚（如罚款、责令改正）及民事赔偿（如其他投标人因违法条款遭受损失可索赔）。投标人若发现违法条款仍参与投标，可能被认定为“以不正当手段谋取中标”，需承担相应责任。因此，双方均需谨慎审查招标文件合法性。

建议：若涉及复杂情形（如加分项与地方政策冲突、多部门监管交叉等），可进一步提供招标文件具体条款及项目背景，我将结合《招标投标法》《政府采购法》及司法实践为你详细分析。