结论：少支付给施工方的罚款能否开票，需根据罚款的性质和双方约定综合判断，通常分为以下两种情况：

1. 若罚款属于违约金性质（如工期延误、质量不达标等违约行为产生的赔偿）
   根据《增值税暂行条例》及实施细则，违约金若与应税行为直接相关（如施工合同履行中的违约），且收款方（施工方）需就违约金缴纳增值税的，可开具发票。但需注意：

   • 发票内容应为“违约金”或“赔偿款”，而非“工程款”；
     
   • 若合同明确约定罚款从工程款中扣除，且施工方已就工程款全额开票，则扣除部分可能无需重复开票，但需双方在结算单中明确扣除金额及性质；
     
   • 施工方需确认罚款是否计入其增值税应税收入，若计入则需开票，否则可能涉及偷税风险。

2. 若罚款属于惩罚性费用（如行政处罚、安全罚款等）
   此类罚款通常由行政机关或第三方机构（如安监部门）作出，与施工合同无关，不属于增值税应税范围，因此无需开票。施工方仅需提供行政处罚决定书、缴款凭证等作为财务处理依据。

   • 例如：因施工方违反环保规定被环保局罚款，该罚款由环保局开具财政票据，建设方无需要求施工方开票；
     
   • 若建设方自行对施工方进行“内部罚款”（如未达质量标准扣款），但未通过行政程序，则可能仍属于违约金性质，需按第一种情况处理。

实务建议：

• 双方应在合同中明确罚款的性质、计算方式及开票义务，避免争议；
  
• 建设方扣款时，建议要求施工方出具书面确认文件（如结算单、扣款通知书），注明罚款性质及金额；
  
• 若施工方拒绝开票，建设方可暂缓支付剩余款项，并通过协商或诉讼解决争议。
  

如有具体合同条款或罚款类型需进一步分析，可直接向我咨询。