结论：车辆因事故被扣押后被水淹的损失责任归属，需根据具体情况判断，一般可能由事故责任方、扣押机关或保险公司承担，具体分析如下：

1. 事故责任方的责任

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》侵权责任编的相关规定，因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。在交通事故中，如果事故责任方（如肇事司机）的过错导致车辆被扣押，并且扣押期间车辆因水淹受损，那么事故责任方可能需要承担相应的赔偿责任。
   • 分析：若事故责任方的行为（如违规驾驶）直接导致事故发生，进而引发车辆扣押，且扣押期间因管理不善（如未将车辆停放在安全地点）导致车辆被水淹，那么责任方应赔偿车辆损失。

2. 扣押机关的责任

   • 法律背景：根据《中华人民共和国行政强制法》的相关规定，行政机关在实施行政强制措施时，应当妥善保管查封、扣押的财物，不得使用或者损毁；造成损失的，应当承担赔偿责任。
   • 分析：如果车辆被扣押期间，因扣押机关（如交警部门）的保管不善（如未将车辆转移至安全地点、未采取必要的防护措施）导致车辆被水淹，那么扣押机关应承担赔偿责任。但需注意，若扣押机关能证明已尽到合理保管义务，则可能免责。

3. 保险公司的责任

   • 法律背景：根据《中华人民共和国保险法》的相关规定，投保人按照约定支付保险费后，保险人应按照约定的时间开始承担保险责任。在车辆保险中，通常包括车辆损失险等险种，用于覆盖车辆因意外事故导致的损失。
   • 分析：如果车辆已投保车辆损失险，且水淹事故属于保险责任范围（如因暴雨等自然灾害导致），那么保险公司应按照保险合同的约定进行赔偿。但需注意，若车辆被扣押期间属于保险合同的免责条款范围（如因违法、违章被扣押），则保险公司可能不承担赔偿责任。

建议与后续行动：

• 收集证据：首先，应收集与事故、车辆扣押及水淹相关的所有证据，包括事故认定书、扣押通知书、现场照片、视频等，以证明损失的发生及原因。
• 协商与调解：在明确责任归属后，可尝试与责任方（事故责任方、扣押机关或保险公司）进行协商，寻求和解或调解，以快速解决纠纷。
• 法律途径：若协商无果，可考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁。在此过程中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。

可能法律后果：

• 若责任归属明确且证据充分，责任方应依法承担赔偿责任，包括车辆修复费用、贬值损失等。
• 若责任归属存在争议或证据不足，可能导致纠纷长时间无法解决，甚至需要通过法律程序来裁决。

如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。