当公司员工因自身过错给公司造成损失时，根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，公司可以采取一系列合法且合理的措施来处理这一问题。以下是对此问题的详细解答：
一、明确员工过错与赔偿责任
过错认定：
- 员工在工作中因故意或重大过失导致公司利益受损，例如严重违反操作规程、玩忽职守或出于恶意目的等行为，可被认定为存在过错。
赔偿责任：
- 经济赔偿：公司有权要求员工按照实际损失进行赔偿。赔偿可以从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。双方也可以协商一次性赔偿或部分赔偿的方式，并签订相关协议明确赔偿细节。
- 其他形式赔偿：若损失涉及商业秘密、知识产权等无形资产，员工还需承担恢复原状、停止侵权等责任。
二、法律依据与实施方式
追偿损失：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条，用人单位在承担员工因执行工作任务造成的侵权责任后，有权向有故意或重大过失的员工追偿。
- 实施方式包括按实际损失或劳动合同约定进行赔偿，同时确保扣除工资的比例符合法定要求。
解除劳动合同：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，员工严重失职、营私舞弊，给用人单位造成重大损害时，用人单位可以解除劳动合同。
- 但实施此措施必须符合法律规定的条件，否则可能构成违法解除，需支付赔偿金。
三、处理程序与争议解决
公司内部处理程序：
- 公司应建立完善的规章制度来处理员工造成的损失，并给予员工陈述和申辩的机会。
- 在做出扣除工资或其他处罚决定前，公司应核实相关事实，听取员工意见，确保处理过程的公正性和透明度。
劳动争议处理：
- 若员工对公司的处罚决定不服，双方可首先尝试协商解决。
- 协商不成时，可向劳动争议调解组织申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 对仲裁裁决不服的，除法律另有规定外，可向人民法院提起诉讼。
四、注意事项
区分过失程度：
- 根据员工的过失程度（故意、重大过失、一般过失）来确定赔偿责任，避免对一般工作失误的员工过度追责。
合法合规：
- 公司在处理员工损失问题时，必须严格遵守相关法律法规，确保处理方式的合法性和合理性。
- 公司需有充分的证据证明员工的过错行为及该行为与损失之间的因果关系，以便在争议解决中占据有利地位。
综合考虑具体情况：
- 在处理实际案件时，还需细致考察员工的过错性质、损失大小、员工的经济状况等因素，以确保赔偿决定的合理性和人性化。
综上所述，当公司员工因自身过错给公司造成损失时，公司应综合考虑法律规定、实际情况和员工权益，采取合法且合理的措施来处理这一问题。在处理过程中，公司应确保处理方式的公正性和透明度，同时给予员工充分的陈述和申辩机会。若双方无法达成一致，可通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等途径来解决争议。