关于实际施工人通过挂靠公司向发包方交的保证金的返还义务由谁承担的问题，这主要取决于挂靠协议的约定以及相关法律法规的规定，以下分情况讨论：

1. 若挂靠协议中有明确约定：

   • 如果挂靠协议中明确规定了保证金的返还义务由挂靠公司承担，那么在实际施工人完成工程或满足其他约定条件后，应由挂靠公司负责向发包方申请返还保证金，并转交给实际施工人。
   • 反之，如果协议中约定由实际施工人自行承担保证金的返还风险或责任，那么在实际施工人无法从发包方处直接获得保证金返还时，可能需要根据协议约定自行承担损失。

2. 若挂靠协议中无明确约定：

   • 在这种情况下，我们需要考虑实际施工人与挂靠公司之间的法律关系以及保证金的实际支付情况。一般来说，保证金是由实际施工人支付给挂靠公司，再由挂靠公司以自己的名义支付给发包方的。因此，从资金流向来看，挂靠公司作为保证金的中间流转方，可能在一定程度上承担返还的协助义务。
   • 同时，根据《中华人民共和国民法典》中关于代理或委托合同的相关规定，如果挂靠公司是以实际施工人的名义或代理实际施工人进行保证金支付的，那么在实际施工人完成工程或满足其他条件后，挂靠公司有义务协助实际施工人向发包方申请返还保证金。
   • 但需注意，如果发包方在合同中明确约定保证金不予退还或存在其他特殊约定（如因实际施工人违约导致保证金被扣留等），则实际施工人可能无法直接获得保证金的返还，此时挂靠公司的返还义务也可能相应免除或减轻。

3. 特殊情况下的法律责任：

   • 如果挂靠公司存在过错（如未按照约定将保证金支付给发包方、未及时协助实际施工人申请返还保证金等），导致实际施工人无法获得保证金返还的，实际施工人可以要求挂靠公司承担相应的赔偿责任。
   • 另外，如果发包方明知实际施工人与挂靠公司之间的挂靠关系，仍然与挂靠公司签订合同并接受保证金支付的，在实际施工人完成工程或满足其他条件后，发包方可能不得以挂靠关系为由拒绝返还保证金给实际施工人（但这一判断需结合具体案情和法院裁判观点进行综合分析）。

法律建议：

• 对于实际施工人而言，在签订挂靠协议时，应明确约定保证金的支付、返还等条款，以避免后续纠纷。
• 在实际施工过程中，应保留好与保证金支付、返还相关的所有证据材料（如转账记录、收据、协议等），以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
• 如果发生保证金返还纠纷，建议及时咨询专业律师（即我本人，王琳律师，专注于合同纠纷、公司事务领域），以便根据具体案情制定合适的维权策略。