针对您提出的“有经营执照的违建怎么处理”的问题，这确实是一个涉及城乡规划、土地管理以及市场监管等多个方面的复杂问题。以下是我根据相关法律法规和政策，为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，经营执照的存在并不能改变建筑物本身的违法性质。如果建筑物是违法建设的，即未依法取得建设用地批准文件、土地使用权证、建设工程规划许可证或临时建设工程规划许可证，或者已取得建设工程规划许可证但未按照许可证规定进行建设的，那么该建筑物就是违法建筑。

对于违法建筑的处理，主要依据的是《中华人民共和国城乡规划法》以及住建部《关于规范城乡规划行政处罚裁量权的指导意见》等相关法律法规。具体处理方式如下：

1. 对于尚可采取改正措施消除对规划实施影响的违法建筑：

   • 相关部门会以书面形式责令停止建设；
   • 如果不停止建设，会依法查封施工现场；
   • 同时，会责令限期改正，并要求及时取得建设工程规划许可证（如果尚未取得）；
   • 对按期改正违法建设部分的，会处建设工程造价5%的罚款；
   • 对逾期不改正的，会依法采取强制拆除等措施，并处建设工程造价10%的罚款。

2. 对于无法采取改正措施消除对规划实施影响的违法建筑：

   • 相关部门同样会以书面形式责令停止建设；
   • 对不停止建设的，会依法查封施工现场；
   • 对存在违反城乡规划事实的建筑物、构筑物单体，会依法下发限期拆除决定书；
   • 对按期拆除的，不予罚款；
   • 对逾期不拆除的，会依法强制拆除，并处建设工程造价10%的罚款；
   • 对不能拆除的，会没收实物或者违法收入，并可以并处建设工程造价10%以下的罚款。

针对您提到的有经营执照的违建，虽然建筑物内可能存在合法的经营活动，但这并不能改变建筑物本身的违法性质。因此，相关部门在处理时，会首先按照上述违法建筑的处理方式进行处置。同时，对于因违法建筑而取得的经营执照，市场监管部门也可能会根据相关法律法规进行相应的处理，如吊销营业执照等。

此外，不同地区可能还有具体的责任追究暂行办法，如祁东县就制定了《祁东县新增违法建设责任追究暂行办法》，明确了各部门在拆违控违工作中的职责和责任追究方式。这些地方性法规或政策也会对违法建筑的处理产生重要影响。

建议您：

• 如果您的建筑物确实存在违法建设的情况，应尽快与相关部门沟通，了解具体的违法情况和处理方式；
• 积极配合相关部门的处理工作，按照要求限期改正或拆除违法建筑；
• 如果对处理结果有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。