结论：当反诉已经受理，但审查后发现不能合并审理时，可以采取以下措施：一是尝试通过协商或调解解决争议；二是若协商或调解不成，则根据反诉的性质和具体情况，分别进行审理或告知当事人另行起诉。

分析说明：

1. 协商或调解：

   • 在发现反诉不能合并审理后，首先可以尝试通过协商或调解的方式解决争议。这种方式可以节省时间和成本，避免不必要的诉讼程序。
   • 协商或调解的过程中，双方可以就争议事项进行充分沟通，寻求互利共赢的解决方案。如果达成一致，可以签订调解协议或和解协议，从而终结诉讼程序。

2. 分别审理：

   • 如果协商或调解不成，且反诉与本诉之间虽然存在一定关联，但根据法律规定或诉讼程序的要求，不能合并审理，那么法院可以分别对本诉和反诉进行审理。
   • 在这种情况下，法院会安排不同的庭审时间，分别对本诉和反诉进行审理，并根据审理结果作出相应的判决。

3. 告知另行起诉：

   • 如果反诉与本诉之间缺乏足够的关联性，或者反诉的内容超出了本诉的审理范围，法院可能会告知反诉原告另行起诉。
   • 另行起诉意味着反诉原告需要就反诉事项单独向法院提起诉讼，并按照新的诉讼程序进行审理。这虽然会增加一些诉讼成本和时间，但有助于确保每个案件都能得到公正、独立的审理。

特别提醒：

• 在处理反诉不能合并审理的情况时，法院会充分考虑当事人的诉讼权益和诉讼效率，确保每个案件都能得到妥善处理。
• 作为当事人，应当积极配合法院的审理工作，提供必要的证据和材料，以便法院能够准确、公正地作出判决。
• 如果对法院的审理结果有异议，可以在法定期限内提起上诉或申请再审等法律救济程序。

后续行动建议：

• 如果您作为当事人遇到反诉不能合并审理的情况，建议首先与对方进行协商或调解，尝试达成和解协议。
• 如果协商或调解不成，您可以根据法院的指导，分别准备本诉和反诉的诉讼材料，并按照法院的安排参加庭审。
• 如果您对法院的审理结果有异议或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。