若公安机关扣押涉案财物时持有人不配合，公安机关可依法采取强制措施，并可能面临相应的法律后果。具体分析如下：
公安机关的强制措施
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十五条及《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百二十二条，公安机关在扣押涉案财物时，若持有人拒绝配合（如拒绝交出财物、阻碍执法等），公安机关有权依法采取强制措施，包括但不限于：
- 强制扣押：直接对涉案财物进行查封、扣押，并制作扣押清单，由持有人、见证人签名确认。若持有人拒绝签名，公安机关可在清单上注明情况。
- 使用警械或强制手段：在必要时，公安机关可依法使用警械（如手铐、警绳等）或采取其他强制手段，确保执法顺利进行，但需符合《人民警察使用警械和武器条例》的适用条件。
- 追究拒不配合的法律责任：若持有人以暴力、威胁等方法阻碍公安机关依法执行职务，可能构成《治安管理处罚法》第五十条规定的“阻碍执行职务”，处警告或二百元以下罚款；情节严重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。若行为构成犯罪（如妨害公务罪），则依法追究刑事责任。
持有人的权利与救济途径
持有人虽需配合公安机关执法，但仍享有法定权利，可通过合法途径维护自身权益：
- 陈述与申辩权：持有人有权对扣押行为提出异议，公安机关应听取其陈述和申辩，并在扣押清单中记录。
- 申请复议或诉讼：若认为扣押行为违法（如超范围扣押、未依法出具扣押清单等），持有人可向作出扣押决定的公安机关申请复议，或直接向人民法院提起行政诉讼，要求撤销扣押决定或返还财物。
- 要求赔偿：若扣押行为因违法导致财物损坏或灭失，持有人可依据《国家赔偿法》要求公安机关予以赔偿。
实务建议
- 对公安机关：执法过程中应严格依法定程序操作，确保扣押行为合法性；对拒不配合的持有人，优先通过说服教育化解矛盾，避免激化冲突；必要时可邀请见证人到场，全程录音录像，固定证据。
- 对持有人：若对扣押行为有异议，应通过合法途径表达诉求，避免采取暴力、威胁等阻碍执法行为，否则可能承担行政或刑事责任；同时，及时咨询专业律师，评估扣押行为的合法性，制定维权策略。
总结：公安机关扣押涉案财物时，持有人不配合的，公安机关可依法采取强制措施并追究其法律责任；持有人则可通过复议、诉讼等途径维护权益。双方均需在法律框架内行使权利、履行义务，避免因行为失当引发更大法律风险。如有具体案件或细节需进一步分析，可直接向我咨询。