针对公司法人用别人手机号码注册导致信息骚扰的问题，这主要涉及到个人信息被冒用及由此产生的骚扰问题，可由以下部门处理：
市场监督管理部门：
- 处理依据：市场监督管理部门负责公司的注册登记及监管工作。若发现手机号码被冒用注册公司，这属于公司注册信息不实的情况，市场监督管理部门有权对此进行调查并要求整改。
- 处理流程：您可以携带个人身份证件和收集到的证据（如公司名称、注册地址、法定代表人等详细信息截图，以及与该注册行为相关的通话记录、短信通知等），前往公司注册地的市场监督管理部门进行投诉。填写投诉表格，详细说明手机号码被冒用的情况，请求其展开调查并要求涉事公司整改。
公安机关：
- 处理依据：若手机号码被冒用注册公司的行为涉及诈骗或其他犯罪行为，如利用您的个人信息进行非法活动，那么这属于公安机关的管辖范围。
- 处理流程：您应及时向当地公安机关报案，提供相关证据，以便警方立案侦查。公安机关将依法对涉事人员进行调查处理，并保护您的合法权益。
电信运营商：
- 处理依据：虽然电信运营商不直接处理公司注册问题，但作为手机号码的提供者，他们有责任保护用户的个人信息和通信安全。
- 处理流程：您可以向手机号码所属的电信运营商反馈情况，请求其协助监控号码使用情况，并采取必要的安全措施，如限制异常注册行为、加强账户安全验证等，以防止进一步的骚扰和滥用。
在处理过程中，您还需要注意以下几点：
- 收集证据：务必收集并保存好所有与手机号码被冒用相关的证据，如通话记录、短信通知、公司注册信息截图等。这些证据将有助于您向相关部门投诉或举报时证明自己的权益。
- 保护个人信息：在整个处理过程中，注意保护个人信息和隐私，避免将敏感信息泄露给不可信的第三方。同时，可以设置密码、使用二次验证等措施来保护手机号码，防止进一步的滥用。
- 持续跟进：保持与相关机构的沟通，及时了解处理进展。若问题未能得到及时解决，可以向上级机构或监管部门反映情况，以寻求更进一步的帮助和支持。
若您因手机号码被冒用而遭受了经济损失或名誉损害等，还可以考虑通过法律途径维护自己的权益。例如，您可以准备好起诉状和相关证据材料，向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求涉事公司停止侵权行为、消除影响、赔偿损失等。
希望以上建议能对您有所帮助。若您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。