结论：针对甲方出资非法生意资金被乙方告了的情况，公司应首先明确法律责任，然后采取积极措施应对诉讼，并考虑后续合规经营和风险防范。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、法律责任分析
甲方责任：
- 甲方作为出资方，若明知资金将用于非法生意而仍然出资，可能构成共同犯罪或帮助犯，需承担相应的刑事责任。
- 若甲方不知情或未参与非法生意的具体运营，但出资行为被认定为对非法活动的支持，也可能面临一定的法律责任，尽管可能较轻。
公司责任：
- 如果公司是非法生意的运营主体，那么公司本身将直接承担非法经营的法律责任，包括可能的刑事处罚和行政处罚。
- 如果公司并非非法生意的直接运营者，但因甲方的出资行为而卷入诉讼，公司需证明自身对非法活动不知情且未参与，以减轻或免除责任。
二、应对诉讼措施
收集证据：
- 公司应立即收集所有与案件相关的证据，包括出资协议、资金流向记录、公司运营记录等，以证明自身对非法活动的知情程度和参与程度。
- 若公司确实不知情且未参与非法活动，应积极寻找证据支持这一主张。
聘请律师：
- 公司应尽快聘请专业律师，特别是擅长公司法务和刑事辩护的律师，以提供法律咨询和代理诉讼。
- 律师将帮助公司分析案情，制定辩护策略，并在诉讼过程中代表公司出庭应诉。
积极应诉：
- 公司应按照法院的要求，按时提交答辩状和相关证据，积极参与诉讼过程。
- 在诉讼过程中，公司应保持与律师的密切沟通，及时了解案情进展和法院意见。
三、后续合规经营和风险防范
加强内部管理：
- 公司应建立健全内部管理制度，加强对资金流向和业务活动的监控，确保所有经营活动均合法合规。
- 定期对员工进行法律培训，提高员工的法律意识和合规意识。
风险评估和预警：
- 公司应定期进行风险评估，识别潜在的法律风险和经营风险，并制定相应的预警和应对措施。
- 建立风险预警机制，及时发现并处理可能引发法律纠纷的问题。
合规文化建设：
- 公司应积极培育合规文化，将合规经营理念融入公司的核心价值观和日常运营中。
- 通过内部宣传、培训等方式，强化员工的合规意识，形成全员参与合规经营的良好氛围。
进一步思考：在处理此类案件时，公司还应考虑与甲方的关系处理以及未来合作的可能性。如果甲方确实存在违法行为，公司应考虑与其断绝合作关系，并寻求法律途径维护自身权益。同时，公司也应从此次事件中吸取教训，加强合规管理，避免类似事件再次发生。
最后建议：面对此类复杂的法律问题，公司应保持冷静，积极应对，并寻求专业律师的帮助。如果你有任何进一步的疑问或需要具体的法律建议，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供针对性的解答。