针对集体经济理事长面对村村民小组长在集体土地上违法开采石头、私搭乱建的情况，核心结论是：理事长应当及时采取法律措施制止违法行为，保护集体土地权益，具体可从以下方面着手：

1. 确认违法事实与证据收集
   首先需明确村民小组长的行为是否构成违法。根据《土地管理法》第四条、第四十四条，集体土地的使用需符合土地利用总体规划，未经批准擅自开采矿产资源（如石头）或改变土地用途（如私搭乱建）均属违法行为。理事长应收集现场照片、视频、证人证言等证据，并核实土地权属证明（如集体土地所有权证）、规划许可文件等，以证明行为违法性及集体土地权益受损事实。

2. 向行政主管部门举报
   理事长可代表集体经济组织向当地自然资源部门（原国土资源局）或综合执法部门举报。根据《土地管理法》第七十七条，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还土地、限期拆除；第七十五条明确，对破坏耕地的行为可处以罚款。若涉及矿产资源开采，还需向矿产资源管理部门举报，依据《矿产资源法》第三十九条，未取得采矿许可证擅自采矿的，可责令停止开采、没收违法所得，并处罚款。

3. 启动民事诉讼程序
   若行政手段未能有效制止，理事长可代表集体经济组织提起民事诉讼，要求村民小组长停止侵害、恢复原状、赔偿损失。根据《民法典》第二百三十六条（排除妨害请求权）、第二百三十八条（物权损害赔偿请求权），集体经济组织作为土地所有权人，有权要求侵权人承担民事责任。诉讼中需提交土地权属证明、违法行为证据及损失评估报告等材料。

4. 通过村民会议或代表会议决议
   根据《村民委员会组织法》第二十四条，涉及村民利益的重大事项（如土地处置）需经村民会议或代表会议讨论决定。理事长可提议召开会议，形成决议要求村民小组长停止违法行为，并授权理事长采取法律行动。此举可增强集体行动的合法性，避免个人决策风险。

5. 申请刑事报案（如构成犯罪）
   若违法行为情节严重（如非法采矿价值达10万元以上、造成矿产资源严重破坏），可能触犯《刑法》第三百四十三条（非法采矿罪）。理事长可向公安机关报案，要求追究刑事责任。根据《刑事诉讼法》，公安机关需依法立案侦查，检察机关可提起公诉。

补充建议：

• 理事长在行动前应咨询专业律师，确保程序合法、证据充分，避免因操作不当引发集体内部矛盾或行政复议风险。
  
• 若村民小组长拒不配合，可同步向乡镇政府反映情况，请求协调处理或启动监督程序。
  
• 后续需加强集体土地管理，完善审批流程，避免类似事件再次发生。
  

如有进一步细节（如土地性质、违法行为持续时间等），可向我补充说明，以便提供更精准的建议。