在非法持有枪支案件中，若检察院作出不起诉决定后公安机关进行行政处罚，刑事扣押的枪支通常会被依法没收并销毁。以下是详细分析：

1. 刑事扣押枪支的性质与处理原则
   根据《刑事诉讼法》及相关规定，刑事扣押的枪支属于涉案证据物品。若案件进入刑事诉讼程序，枪支通常会在判决后由法院根据《刑法》第六十四条判决没收；若检察院作出不起诉决定（如存疑不起诉、相对不起诉），则刑事诉讼程序终结，此时需根据《公安机关办理行政案件程序规定》将案件移送行政处罚程序。

2. 行政处罚阶段对枪支的处理依据
   公安机关在行政处罚阶段会依据《治安管理处罚法》第三十二条或《枪支管理法》等相关规定，对非法持有的枪支作出没收决定。没收后的枪支属于国家管制物品，不得返还或流回社会，需由公安机关统一销毁。销毁程序通常需经省级公安机关批准，并由专业机构执行，确保枪支彻底失去功能。

3. 特殊情形下的处理例外
   若枪支属于合法财产（如祖传猎枪但未办理持枪证），且行为人主观恶性较小，公安机关可能在行政处罚中酌情考虑返还可能性，但实践中此类情形极少。根据《枪支管理法》第四十六条，枪支的定义包括“以火药或者压缩气体等为动力，利用管状器具发射金属弹丸或者其他物质，足以致人伤亡或者丧失知觉的各种枪支”，因此绝大多数非法持有枪支均无合法返还空间。

4. 程序衔接的注意事项
   公安机关需在行政处罚决定书中明确载明枪支的没收与销毁事项，并通知原刑事扣押部门办理物品移交手续。若行为人对行政处罚不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但不影响枪支的没收与销毁程序执行。

建议：若您或他人涉及此类案件，可进一步向我提供具体情节（如枪支类型、持有目的、是否造成危害后果等），我将结合地方性法规与司法实践，为您分析行政处罚的幅度及枪支处理的具体流程。