关于协商离职的注意事项及工资分两次发放时补偿金的计算问题，总结如下：

1. 协商离职的注意事项
   协商离职的核心是书面协议和权益保障，需重点关注以下细节：

   • 协议内容明确性：必须签订书面《离职协议书》，明确离职原因（如“双方协商一致解除劳动合同”）、离职日期、工资结算方式、补偿金金额及支付时间、竞业限制（如有）、保密义务等条款。避免口头约定，防止后续纠纷。
     
   • 补偿金合法性：根据《劳动合同法》第46条，协商离职需支付经济补偿金（N或N+1，N为工作年限，每满1年支付1个月工资）。若公司未主动提出补偿，可主动协商争取；若公司拒绝支付，需谨慎签署协议（可能视为放弃补偿）。
     
   • 工资与补偿金支付时间：协议中需明确工资（包括分两次发放的部分）和补偿金的具体支付时间节点（如离职当日、次月发薪日等），避免拖延。
     
   • 社保与公积金衔接：确认离职当月社保和公积金的缴纳主体（原公司或新公司），避免断缴影响权益。
     
   • 离职证明与背景调查：要求公司出具书面离职证明，并协商好背景调查的配合方式（如公司仅核实工作经历，不评价个人能力）。
     

2. 工资分两次发放时补偿金的计算方式
   补偿金的计算基数为离职前12个月的平均工资（《劳动合同法》第47条），需包含所有工资性收入（包括分两次发放的部分）：

   • 计算基数范围：包括基本工资、奖金、津贴、补贴、加班费等所有货币性收入，即使分两次发放（如部分当月发、部分次月发），也应合并计算。
     
   • 特殊情况处理：若分两次发放的工资中包含非工资性收入（如报销款、个人借款等），需剔除后计算；若公司故意拆分工资以降低补偿金基数（如将部分工资转为“福利”），可要求公司按实际收入补足。
     
   • 示例：假设你月薪1.5万元（其中1万元当月发，5000元次月发），工作3年，补偿金应为：1.5万×3=4.5万元（需确认分两次发放的部分均属于工资性收入）。
     

行动建议：

• 协商离职前，先核对工资条和银行流水，明确分两次发放的具体金额及性质（是否属于工资）；
  
• 签订协议时，要求公司明确补偿金金额及计算方式（如“按离职前12个月平均工资×工作年限计算”）；
  
• 若公司拒绝支付补偿金或拆分工资降低基数，可拒绝签署协议并主张权利（如通过劳动仲裁维权）。
  

如有具体协议条款或工资结构需要分析，可进一步提供细节，我会帮你审核协议或计算补偿金。