核心结论：摩托车因违规被罚款100元、扣3分，需按以下步骤处理：1. 确认违法事实；2. 及时缴纳罚款；3. 处理扣分；4. 特殊情况处理。以下是具体说明：

1. 确认违法事实

首先需核实违法信息的准确性。可通过以下方式查询：

• 交管12123APP：登录后查看“违法处理”模块，确认违法时间、地点、行为（如闯红灯、未戴头盔等）及证据照片是否清晰。
• 交警部门窗口：携带行驶证、驾驶证到当地交警队或车管所，要求出具《交通违法行为处理通知书》，核对违法事实与处罚依据。

重点：若对违法事实有异议（如被套牌、证据模糊），可在收到处罚决定书后60日内向作出处罚的交警部门申请行政复议，或6个月内向法院提起行政诉讼。

2. 及时缴纳罚款

根据《道路交通安全法》第108条，罚款需在15日内缴纳，逾期每日按罚款数额的3%加处罚款（但总额不超过罚款本金）。缴纳方式包括：

• 线上：通过交管12123APP、支付宝/微信“城市服务”、银行网银等；
• 线下：到指定银行（如工商银行、建设银行）柜台或自助终端缴纳。

提示：缴纳后保留凭证，系统一般会在1-3个工作日内更新违法状态为“已处理”。

3. 处理扣分

扣分会在驾驶证记分周期结束时自动清零（前提是已处理完违法并缴纳罚款）。但需注意：

• 一个记分周期内累计扣满12分：需参加7天交通安全教育，并通过科目一考试后才能恢复驾驶资格；
• 一个记分周期内两次以上达到12分：除科目一外，还需参加科目三考试。

建议：可通过交管12123APP的“学法减分”功能，通过学习考试最多减免6分（需符合当地政策）。

4. 特殊情况处理

• 车辆被套牌：立即向交警部门报案，提供车辆行驶轨迹、停车记录等证据，申请撤销违法记录；
• 证据不足或程序违法：如执法人员未出示证件、未告知权利等，可依法申请复议或诉讼；
• 异地违法：可通过交管12123APP处理，或委托当地朋友代办（需提供委托书、身份证复印件等）。

最后提醒：日常驾驶中务必遵守交规，如佩戴头盔、不闯红灯、按道行驶等，避免再次违法。若有其他疑问，可直接向我咨询，我会结合具体场景为你详细解答。