银行扣除小额管理费是否合法，需分情况讨论：

1. 若银行与储户有明确约定：

   • 根据《中华人民共和国商业银行法》以及《中华人民共和国民法典》的相关规定，银行与储户之间构成储蓄存款合同关系。若银行在开户协议、服务协议或相关公告中明确告知了小额管理费的收取标准、条件及方式，并且储户在开户时或后续服务中对此表示同意（如通过签字确认、电子渠道确认等方式），则银行扣除小额管理费是合法的。
   • 举例：假设某银行在开户协议中明确规定，对于日均余额低于一定金额的账户，将按月收取一定数额的小额管理费。储户在开户时签署了该协议，即表示同意了这一条款。此后，若储户账户余额持续低于该标准，银行按月扣除小额管理费就是合法的。

2. 若银行与储户无明确约定或约定不明确：

   • 如果银行未在开户协议、服务协议或相关公告中明确告知小额管理费的收取情况，或者告知方式不足以使储户充分了解并同意该费用，则银行单方面扣除小额管理费可能构成违约或侵权。
   • 举例：若银行在未告知储户的情况下，擅自对所有低于一定余额的账户收取小额管理费，且储户在开户时及后续服务中均未表示同意，则银行的这一行为可能缺乏合法依据。

3. 特殊情况下的合法性考量：

   • 即便银行与储户有约定，但如果该约定违反了法律、行政法规的强制性规定，或者显失公平、损害储户利益，该约定也可能被认定为无效。例如，若银行收取的小额管理费标准过高，远超其实际成本，且未向储户充分说明理由，则可能构成显失公平。
   • 另外，根据相关监管政策，部分银行可能对特定群体（如学生、老年人等）或特定账户（如社保卡、医保卡等）免收小额管理费。若储户符合这些条件，银行仍扣除小额管理费则可能违法。

法律建议：

• 若您对银行扣除的小额管理费有疑问或认为不合法，首先应查阅您的开户协议、服务协议或银行公告，了解相关费用的收取标准及条件。
• 若您认为银行的行为违法或违约，可以与银行协商解决；协商不成的，可以向当地银行业监管机构投诉或寻求法律援助。
• 在日常金融活动中，建议您仔细阅读并理解各类金融产品的合同条款及费用标准，以维护自身合法权益。

可能后果：

• 若银行扣除小额管理费的行为被认定为违法或违约，银行可能需要退还已收取的费用，并可能面临监管机构的处罚。
• 若储户因银行的不当行为遭受损失，还可以要求银行承担相应的赔偿责任。