承包者可以通过法律途径维权，并可申请退还承包费或要求赔偿损失，具体可从以下角度分析和操作：

1. 确认承包合同效力及条款
   首先需核查承包合同的具体内容，尤其是关于土地用途、承包费支付方式、违约责任等条款。若合同明确约定土地用途为“荒地开发”或“农业用途”，而实际被擅自变更为林地并堆放坟墓，可能构成发包方或第三方违约。此时承包者可依据《民法典》合同编，主张解除合同并要求退还剩余承包费，或要求赔偿因违约导致的损失（如预期收益、土地恢复费用等）。

2. 追究土地用途变更的责任
   根据《土地管理法》及《森林法》，土地用途变更需依法审批。若林地变更未经合法程序（如未办理农用地转用审批），可能涉及行政违法。承包者可向当地自然资源部门举报，要求查处非法占地行为，并以此作为协商或诉讼的依据，证明发包方未履行合同义务（如保障土地合法使用）。

3. 处理堆放坟墓的侵权问题
   堆放坟墓可能涉及两方面侵权：

   • 对承包经营权的侵害：若坟墓占用土地导致承包者无法正常使用土地，可依据《民法典》物权编，要求侵权人（堆坟者）停止侵害、排除妨碍（如迁移坟墓），并赔偿损失（如土地闲置期间的损失）。
     
   • 对林地所有权的侵害：若林地属集体所有，集体组织也可作为权利主体主张权利，承包者可联合集体组织共同维权。

4. 申请退还承包费的路径

   • 协商解决：与发包方沟通，要求退还已支付但未实际使用的承包费（如剩余承包期限对应的费用），或折价补偿因土地无法使用导致的损失。
     
   • 诉讼或仲裁：若协商无果，可依据合同中的争议解决条款（如仲裁条款）或直接向法院起诉，主张解除合同、退还费用及赔偿损失。需注意保留承包费支付凭证、土地现状证据（如照片、视频）等材料。

5. 行政投诉与刑事举报（如涉及）

   • 若土地用途变更或堆坟行为涉嫌破坏耕地、非法占用农用地等刑事犯罪（如占用基本农田5亩以上），可向公安机关报案，追究相关责任人刑事责任，同时作为民事赔偿的辅助手段。
     
   • 向林业、民政等部门投诉，要求查处非法林地变更和违规建坟行为，推动行政机关介入解决。

行动建议：

1. 立即固定证据（如承包合同、缴费凭证、土地现状照片/视频、与发包方的沟通记录等）；
   
2. 委托律师向发包方发送《律师函》，明确要求解除合同、退费及赔偿；
   
3. 若发包方拒不配合，尽快向法院起诉或申请仲裁，同时可向自然资源、林业等部门举报违法行为；
   
4. 若涉及刑事犯罪，同步向公安机关报案。
   

提示：土地纠纷涉及行政、民事、刑事多重法律关系，建议优先通过律师协助梳理证据、制定策略，以提高维权效率。如有具体问题或需要进一步分析，可直接向我咨询。