针对违建房屋租赁合同纠纷，法院的处理方式需结合具体案情，但通常遵循以下核心原则和程序，我将分情况为您详细说明：

1. 合同效力认定
   根据《民法典》第153条及《商品房屋租赁管理办法》第6条，违建房屋租赁合同因违反法律强制性规定（如未取得建设工程规划许可证）被认定为无效。法院会首先审查房屋权属证明及规划许可文件，若确认属违建，将直接判定合同无效，双方需返还已取得的财产（如租金、押金）。

2. 责任划分与损失赔偿

   • 出租人责任：若出租人明知房屋违建仍出租，需承担主要过错责任，可能需赔偿承租人因合同无效导致的实际损失（如装修费用、搬迁费用等），但赔偿范围通常以直接损失为限，不包括预期利益。
     
   • 承租人责任：若承租人未尽合理审查义务（如未核查房屋产权证），也可能被认定存在过错，需自行承担部分损失。例如，若承租人擅自装修，法院可能判决其自行承担装修残值损失。

3. 实际使用期间的费用处理
   即使合同无效，承租人仍需支付实际使用房屋期间的占有使用费（通常参照租金标准），但若房屋因违建被行政机关强制拆除或查封，导致承租人无法正常使用，法院可能酌情减少或免除使用费。

4. 行政处罚与民事纠纷的衔接
   若房屋已被行政机关认定为违建并作出处罚（如限期拆除），法院在民事案件中会直接引用该行政结论，无需另行审查违建事实。此时，承租人若以“不知情”抗辩，需提供充分证据（如出租人伪造权属证明的证据），否则难以免责。

实务建议：

• 若您是承租人，签约前务必核查房屋产权证及规划许可文件，要求出租人提供原件或复印件；
  
• 若您是出租人，违建房屋出租风险极高，可能面临合同无效、行政处罚及赔偿三重风险，建议尽快补办手续或解除合同；
  
• 纠纷发生后，及时固定证据（如租赁合同、付款记录、房屋现状照片等），并咨询专业律师制定诉讼策略。
  

如需进一步分析具体案情，可直接向我提供房屋权属、租赁合同条款等细节，我将为您定制解决方案。