在刑事案件中，如果经过一系列侦查程序后未能查出问题，案件的结案方式确实会因所处诉讼阶段及具体情况的不同而有所差异。以下是对这一问题的详细解答：
一、侦查阶段（公安机关阶段）
在侦查阶段，如果公安机关经过调查后认为不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任，比如犯罪嫌疑人并未实施犯罪行为，或者犯罪行为显著轻微、危害不大，那么公安机关会作出撤销案件的决定。若犯罪嫌疑人已被逮捕，公安机关会立即释放并发给释放证明，同时通知原批准逮捕的人民检察院。此外，如果案件尚未达到立案条件或没有犯罪事实发生，公安机关也会作出不予立案的决定。
二、审查起诉阶段（人民检察院阶段）
进入审查起诉阶段后，人民检察院会对移送起诉的案件进行全面审查。此时，存在两种不起诉的情况：
法定不起诉：如果人民检察院发现犯罪嫌疑人无犯罪事实，或者存在《刑事诉讼法》规定的特定情形（如情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限；经特赦令免除刑罚等），那么会作出法定不起诉决定。
存疑不起诉：对于经过二次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足、不符合起诉条件的案件，会作出存疑不起诉决定。这意味着，即使经过多次补充侦查，如果证据仍然无法达到确实、充分的程度，无法认定犯罪嫌疑人有罪，那么检察院将终止诉讼程序。
三、审判阶段（人民法院阶段）
如果案件进入审判阶段，法院会进行审理。若法院经审理认为证据不足、指控犯罪不能成立，或者被告人的行为不构成犯罪，那么会作出无罪判决。无罪判决的作出标志着案件的终结，被告人被依法宣告无罪，并解除对其的所有强制措施。
四、特殊情况
除了上述常规情况外，还存在一些特殊情况可能导致案件无法继续审理。例如，犯罪嫌疑人死亡、丧失刑事责任能力，或者案件因其他原因（如国家秘密、个人隐私等）无法继续审理。在这些情况下，检察机关可能作出不起诉决定，或者法院可能终止审理。
五、结案后的处理
无论案件以何种方式结案，相关机关都需要按照法定程序进行后续处理。例如，对于撤销案件或不予立案的案件，公安机关需要通知控告人并说明理由；对于不起诉的案件，检察机关需要制作不起诉决定书并送达相关当事人；对于无罪判决的案件，法院需要释放被告人并解除对其的强制措施。
综上所述，刑事案件在未查出问题时，可以根据案件所处的诉讼阶段及具体情况采取不同的结案方式。整个刑事诉讼过程中，各相关机关都需要严格遵循法定程序和步骤，以确保案件的公正、合法处理。