在行政处罚案件中，若当事人不配合，行政机关可采取以下措施，具体分情况说明：

1. 依法强制执行或采取其他调查手段
   根据《行政处罚法》及相关法规，若当事人拒绝配合调查（如拒不提供证据、拒不到场接受询问等），行政机关可依法采取强制措施，例如：

   • 直接调取第三方证据：如通过银行、通信运营商等调取涉案数据；
     
   • 推定不利事实：若当事人故意隐匿证据或拒不陈述，行政机关可依据已有证据推定相关事实成立；
     
   • 申请法院强制执行：对拒不履行处罚决定的，行政机关可申请法院强制执行（如查封、扣押财产等）。
     

2. 对不配合行为单独处罚
   若当事人的不配合行为构成妨碍公务或违反其他法律规定（如《治安管理处罚法》），行政机关可对其另行处罚：

   • 警告或罚款：对拒不配合调查的当事人，可处警告或一定金额罚款；
     
   • 拘留：情节严重的（如暴力抗法），可依法行政拘留。
     

3. 完善程序保障合法性
   行政机关需严格遵守法定程序，确保处罚合法：

   • 书面催告：对拒不履行处罚决定的，需先书面催告当事人履行义务；
     
   • 告知权利：在采取强制措施前，需告知当事人陈述、申辩权；
     
   • 证据固定：通过录音、录像、证人证言等方式固定当事人不配合的证据。
     

建议：若您是行政机关工作人员，需严格依据《行政处罚法》《行政强制法》等规定操作，避免程序违法；若您是当事人，建议积极配合调查，否则可能面临更严厉处罚。如有具体案件细节，可直接向我咨询。