政府施工损坏农作物，赔偿问题需结合具体法律规定和实际情况综合判断，一般可按以下思路处理：

1. 明确责任主体
   根据《民法典》第1258条，政府作为施工方或管理方，若因施工行为（如爆破、挖掘、堆放物料等）直接导致农作物损坏，需承担侵权责任。若施工由第三方承包商执行，政府作为发包方可能需承担连带责任或监管责任，具体需结合合同约定和过错程度判断。

2. 赔偿范围与标准

   • 直接损失：包括被毁农作物的市场价值（按当地同期同类作物平均产量×市场价格计算）、种植成本（种子、化肥、人工等已投入费用）。
     
   • 间接损失：若农作物为经济作物（如果树、药材），可主张预期收益损失，但需提供产量、价格等证据（如农业部门评估报告、历史收益记录）。
     
   • 特殊情形：若施工导致土地长期无法耕种（如污染、塌陷），可主张土地修复费用或未来收益损失。

3. 赔偿程序与证据收集

   • 协商优先：第一时间与施工方或政府相关部门沟通，要求现场勘查并固定损失（拍照、录像、书面记录）。
     
   • 第三方评估：若协商无果，可委托农业技术部门或专业评估机构出具损失报告，作为索赔依据。
     
   • 行政投诉或诉讼：向当地农业农村局、自然资源局投诉，或直接向法院起诉，主张民事赔偿。

4. 法律依据与注意事项

   • 政府施工可能涉及《土地管理法》第44条（征地审批）和《公路法》第31条（施工保护义务），若未依法办理手续，可能构成违法施工，需承担更重责任。
     
   • 农民需注意保留土地承包合同、种植记录、购销凭证等证据，避免因证据不足影响赔偿金额。
     

建议行动步骤：

1. 立即联系施工方或政府项目负责人，要求停止侵害并协商赔偿；
   
2. 收集损失证据（如作物照片、村委会证明、市场价格查询记录）；
   
3. 若协商未果，向当地农业农村局申请调解，或委托律师提起诉讼。
   

如有具体细节（如施工是否合法、损失规模等），可进一步向我说明，我会结合案例和地方政策为您分析。