违法种植的农作物被损坏时，赔偿问题需分情况讨论，核心结论如下：

1. 违法种植者一般无权主张全额赔偿，但可主张部分损失补偿
   根据《民法典》第1165条，侵权责任以“过错”为基本原则。若农作物本身属于违法种植（如占用基本农田种植非粮食作物、未取得许可占用林地等），种植者存在过错，通常无法要求侵权人全额赔偿。但若侵权人存在故意或重大过失（如恶意毁坏），法院可能根据双方过错程度，判决侵权人承担部分损失（如人工成本、肥料费用等直接投入），但不会支持预期收益（如农作物市场价值）的赔偿。

2. 若侵权人存在过错，违法种植者仍可主张“过错相抵”后的赔偿
   根据《民法典》第1173条，被侵权人对损害发生也有过错的，可减轻侵权人责任。例如：

   • 种植者违法占用集体土地种植，但侵权人因私人恩怨故意毁坏，法院可能判决侵权人承担60%-80%的直接损失；
     
   • 若种植者仅未办理审批手续，但土地性质合法（如一般耕地），侵权人因施工误毁，则可能按实际损失（如种植成本）的80%-100%赔偿。

3. 行政机关强制清除违法种植时，原则上不涉及民事赔偿
   若农作物因违反《土地管理法》《森林法》等被行政机关依法强制清除（如拆除违建、恢复林地），属于行政执法行为，不构成民事侵权。此时种植者无权要求行政机关赔偿，但可对行政行为的合法性申请行政复议或提起行政诉讼（如认为清除程序违法）。

实务建议：

• 保留种植投入的证据（如购买种子、化肥的发票，人工支出记录等），以便主张直接损失；
  
• 若涉及行政强制，及时要求行政机关出具书面决定，并核对法律依据是否充分；
  
• 赔偿争议可通过协商、调解或诉讼解决，但需注意诉讼时效为3年（自知道权利受损之日起算）。
  

如有具体案件细节（如土地性质、损坏原因等），可进一步向我说明，我会结合法律条文和类案判决为您分析。