结论前置：甲方在合同中写的是总公司的名字但盖的是项目部的章，这种情况可能会对合同的效力、履行以及争议解决产生多方面的影响，具体影响取决于项目部的授权情况、合同内容以及实际履行情况等因素。以下从几个方面进行详细分析：
合同效力问题：
- 一般原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同应当由具有相应民事行为能力的主体签订，并加盖其有效印章。项目部作为总公司的内设机构，通常不具备独立法人资格，因此其单独签订的合同在效力上可能存在瑕疵。
- 例外情况：如果项目部得到了总公司的明确授权，或者总公司事后对项目部的签约行为进行了追认，那么该合同仍然可能被认定为有效。此外，如果合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方意思表示真实，那么合同也可能被认定为有效。
合同履行问题：
- 责任承担：如果合同被认定为有效，但项目部在履行过程中出现违约行为，由于项目部通常不具备独立承担民事责任的能力，因此总公司可能需要承担相应的责任。这取决于总公司对项目部的授权范围以及项目部的实际履行情况。
- 履行障碍：如果合同中明确约定了由总公司履行某些义务，但实际履行过程中由项目部代为履行，且未得到总公司的明确授权或追认，那么这可能构成履行障碍，导致合同无法顺利履行。
争议解决问题：
- 诉讼主体：在发生合同纠纷时，如果合同上加盖的是项目部的章，但合同主体写的是总公司，那么诉讼主体可能会成为争议焦点。一般来说，原告可能会选择将总公司作为被告提起诉讼，但被告可能会主张项目部是实际签约方，从而引发诉讼主体的争议。
- 证据认定：在诉讼过程中，合同上的印章和签字将成为重要证据。如果项目部章未经总公司授权或备案，那么其证明力可能会受到质疑。此时，需要结合其他证据（如授权书、往来函件等）来综合判断合同的签订和履行情况。
法律建议：
- 对于甲方（总公司）：在签订合同时，应明确授权项目部签订合同的权限和范围，并在合同上加盖总公司公章或合同专用章，以避免不必要的法律风险。如果确实需要由项目部代为签订合同，应确保项目部得到总公司的明确授权，并在合同中注明授权情况。
- 对于乙方（合同相对方）：在签订合同时，应仔细审查合同上的印章和签字，确认签约方的身份和授权情况。如果发现合同上加盖的是项目部的章，应要求甲方提供总公司的授权书或相关证明文件，以确保合同的效力。
可能后果：
- 如果合同被认定为无效或存在履行障碍，双方可能需要重新协商签订合同或承担违约责任。
- 在争议解决过程中，如果诉讼主体或证据认定存在问题，可能会导致诉讼进程延长或判决结果不利。
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