在承揽合同中，若承揽人因保管材料不善需支付赔偿款，该赔偿款是否需要开票需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若赔偿款属于增值税应税范围
   根据《增值税暂行条例》及其实施细则，若承揽人支付的赔偿款实质上是对其违约行为（如保管不善导致材料损毁）的经济补偿，且该补偿与承揽人的应税行为（如加工、修理修配劳务）直接相关，则赔偿款可能被认定为“价外费用”，需并入销售额计算缴纳增值税。此时，承揽人应向定作人开具增值税发票（普通发票或专用发票，根据定作人资质及合同约定确定）。
   案例参考：某定作人委托承揽人加工一批货物，因承揽人保管不善导致原材料损毁，双方约定承揽人赔偿材料成本及加工费损失共计10万元。若该赔偿款包含承揽人应收取的加工费部分，则需按加工劳务税率开具增值税专用发票。

2. 若赔偿款属于非增值税应税范围
   若赔偿款仅针对材料本身的损失（如原材料市场价值补偿），且与承揽人的应税劳务无关（例如材料由定作人提供，承揽人仅收取加工费），则该赔偿款可能被认定为“非经营活动中的财产损害赔偿”，不属于增值税征税范围。此时，承揽人无需开具增值税发票，但需根据合同约定或行业惯例向定作人提供收款凭证（如收据、赔偿协议等）。
   案例参考：定作人提供原材料委托承揽人加工，因承揽人保管不善导致原材料灭失，双方约定承揽人仅赔偿原材料采购成本5万元。若该赔偿款不涉及加工费或其他应税服务，则承揽人无需开票，但需留存赔偿协议及付款记录作为财务凭证。

3. 特殊情形：赔偿款与违约金并存
   若合同中同时约定了赔偿款和违约金（如“因保管不善导致材料损失的，承揽人需赔偿材料成本并支付合同金额10%的违约金”），则需区分性质：

   • 赔偿款部分按上述规则判断是否开票；
     
   • 违约金若属于对违约行为的惩罚性补偿，且与应税劳务无直接关联，通常无需开票，但需注意企业所得税前扣除的合规性（定作人需取得合法凭证）。

实务建议：

• 合同中应明确赔偿款的性质（如“材料成本补偿”或“包含加工费的全面赔偿”），避免歧义；
  
• 承揽人支付赔偿款前，建议与定作人协商确定是否需要开票，并留存书面沟通记录；
  
• 若涉及跨境交易或特殊行业（如建筑、运输），需结合具体税目及税收协定进一步分析。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款及交易背景，我会结合实务经验为您详细解答。