追讨合同工程款确实存在诉讼时效的问题，且诉讼时效一般为三年。以下是对此问题的详细解答：

一、基本诉讼时效规定

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于工程款追讨的情形。因此，从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，工程款追讨的诉讼时效一般为三年。

二、诉讼时效起算点的具体情形

1. 约定履行期限的工程款：

   • 如果合同中明确规定了工程款的支付时间，那么诉讼时效就从约定的支付期限届满之日的次日起开始计算。例如，合同约定工程款应在工程验收合格后30日内支付，若工程在2020年1月1日验收合格，则诉讼时效从2020年2月1日开始计算。

2. 未约定履行期限或履行期限不明确的工程款：

   • 若建设工程已实际交付，从交付之日起计算诉讼时效。
   • 若建设工程未交付，但从承包人提交竣工结算文件之日起算诉讼时效。
   • 若建设工程既未交付，工程价款也未结算，则从当事人起诉之日起计算诉讼时效。

3. 分期履行的工程款：

   • 如果合同中约定了分期履行，则从约定的最后一期履行期限届满之日起计算诉讼时效。

三、诉讼时效的中断与重新计算

1. 诉讼时效中断：

   • 在诉讼时效期间内，如果出现法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等），诉讼时效将发生中断。中断后，已经经过的时效期间归于无效，从中断时起，诉讼时效期间重新计算。
   • 例如，承包方向发包方发送催款函、律师函等书面文件，要求支付工程款，这些行为均构成对权利的主张，导致诉讼时效中断。

2. 诉讼时效中止：

   • 在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或者其他障碍导致权利人不能行使请求权，诉讼时效将中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。

四、超过诉讼时效的法律后果

如果权利人未在规定的诉讼时效期间内向人民法院提起诉讼或采取其他法律手段来维护自己的权益，那么当诉讼时效期间届满后，权利人将丧失通过法律途径强制义务人履行义务的权利。但这并不意味着债务本身消灭，只是债务人获得了诉讼时效抗辩权，可以拒绝履行债务。不过，如果债务人自愿履行债务，则不受诉讼时效的限制。

五、最长保护期限

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。这一规定为工程款追讨设定了一个最长的保护期限。

结论与建议：

在追讨工程款时，务必注意诉讼时效问题，及时采取法律手段维护自身权益。为确保债权的有效性，建议在合同签订时就明确工程款的支付时间、方式及违约责任，并在诉讼时效期限内积极主张权利，避免因超过时效而丧失法律保护。如遇复杂情况或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。