结论：迟到扣钱与加班费计算是两个独立的法律问题，二者在劳动法中均有明确规定，但计算逻辑不同。以下分两部分详细说明：

一、关于“迟到扣钱”的合法性及限制

根据《工资支付暂行规定》第十六条及地方性法规（如《广东省劳动保障监察条例》第五十一条），用人单位可因劳动者迟到扣减工资，但需满足以下条件：

1. 制度合法性：扣款规则需写入经民主程序制定的规章制度（如职工代表大会讨论通过），并已公示或告知劳动者；
   
2. 扣款上限：每月扣款不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
   
3. 合理性：扣款金额应与迟到时间、影响程度成比例（例如迟到5分钟扣50元可能被认定为不合理）。
   

风险提示：若用人单位未满足上述条件，劳动者可主张补发工资，甚至以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同并要求经济补偿。

二、关于“加班费”的计算规则

根据《劳动法》第四十四条，加班费需按以下标准支付，与是否迟到无关：

1. 工作日加班：不低于工资的150%（如日工资200元，加班3小时需支付200÷8×1.5×3=112.5元）；
   
2. 休息日加班：优先安排补休，无法补休的支付200%工资（如周末加班1天，需支付200×2=400元）；
   
3. 法定节假日加班：支付300%工资（如春节加班1天，需支付200×3=600元）。
   

关键点：

• 工资基数：以劳动合同约定的工资为准，若无约定则按集体合同或实际工资（含奖金、津贴等）计算；
  
• 举证责任：劳动者需证明加班事实（如考勤记录、加班通知），用人单位需证明已支付加班费（如工资条备注）。
  

三、实务建议

1. 对劳动者：保留考勤记录、工资条等证据，若发现扣款或加班费计算违法，可向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
   
2. 对用人单位：完善考勤与薪酬制度，明确扣款与加班规则，避免因程序瑕疵导致败诉。
   

如有具体案例（如扣款金额、加班时长等），可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析风险点。