关于公司只签合作协议是否违法的问题，需要分情况讨论：

1. 若合作协议实质上构成了劳动合同，且具备劳动合同的必备条款

   • 结论：此时公司只签合作协议并不违法，该合作协议可视为劳动合同。
   • 分析：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果合作协议中包含了劳动合同的必备条款，如用人单位的名称、住所和法定代表人信息，劳动者的姓名、住址和身份证件号码，劳动合同期限，工作内容和地点，工作时间和休息休假，劳动报酬，社会保险，劳动保护、条件和职业危害防护等，且能明确双方的劳动关系以及各自的权利和义务，那么该合作协议在法律上可以被视为劳动合同。

2. 若合作协议未包含劳动合同的必备条款，或无法明确双方构成劳动关系

   • 结论：此时公司只签合作协议可能违法，特别是当双方实际构成劳动关系时。
   • 分析：
     • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第十条，建立劳动关系时，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系但未同时订立书面劳动合同的，应在用工之日起一个月内补订。若公司未与劳动者签订书面劳动合同，则可能面临法律责任。
     • 违法后果：若公司自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同，需向劳动者每月支付二倍工资作为补偿；若自用工之日起满一年仍未与劳动者订立书面劳动合同，则视为双方已订立无固定期限劳动合同。
     • 员工权益保障：即使未签订劳动合同，只要发生用工行为并形成劳动关系，员工仍享有劳动法规定的各项权利，公司也负有相应义务，包括缴纳社会保险费等。

建议与注意事项：

• 对于公司：

  • 在与员工建立劳动关系时，应明确签订书面劳动合同，以避免法律风险和纠纷。
  • 若确实需要签订合作协议，应确保协议内容合法、明确，且不违背劳动法的相关规定。特别是要包含劳动合同的必备条款，以明确双方的劳动关系和权利义务。

• 对于员工：

  • 在签订合作协议前，应仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。
  • 若发现协议内容违法或不明确，有权拒绝签订，并要求公司签订合法的劳动合同。
  • 若公司拒绝签订劳动合同或违反劳动法规定，员工可以通过向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

总结：公司只签合作协议是否违法，取决于合作协议的内容和双方的实际关系。若协议实质上构成了劳动合同且具备必备条款，则不违法；若未包含必备条款或无法明确双方构成劳动关系，则可能违法。因此，建议公司在与员工建立劳动关系时，明确签订书面劳动合同，以避免法律风险和纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。