针对您提出的“擅自拔除别人在自家农田种植的树苗该如何处理”这一问题，这实际上涉及到了土地权益的侵犯以及如何合理、合法地维护自身权益的问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、明确权益与行为性质

首先，您需要明确的是，如果别人在您的农田上种植了树苗，这本身就侵犯了您的土地权益。而您擅自拔除这些树苗，虽然可能是出于维护自身权益的初衷，但这一行为本身也可能构成对他人财产权的侵犯，除非您能证明这一行为是出于紧急避险或正当防卫等合法情形。因此，在采取行动前，请务必谨慎考虑。

二、首选协商与沟通

1. 主动与对方沟通：建议您首先尝试与种植树苗的人进行友好协商，明确指出其行为侵犯了您的土地权益，并要求其自行移除树苗，恢复土地原状。在沟通过程中，请保持冷静和理智，避免情绪化的言辞或行为，以免激化矛盾。
2. 保留沟通记录：为了后续可能的法律程序或调解过程，建议您保留好与对方的沟通记录，如聊天记录、通话录音等，这些都可以作为证据来支持您的主张。

三、寻求第三方调解

如果直接沟通效果不佳，您可以考虑寻求村委会、居委会或人民调解委员会等第三方的帮助进行调解。这些机构通常具有丰富的调解经验和专业知识，能够帮助您找到双方都能接受的解决方案。

四、行政途径解决

1. 向相关部门举报：若协商和调解均无果，您可以向当地的国土资源部门或农业农村部门提交书面举报材料，详细说明土地被占用的情况，并附上相关证据，如土地权属证明、现场照片等。这些部门将对此进行调查核实，并根据法律法规作出处理决定。
2. 申请政府处理：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地所有权和使用权争议可由人民政府处理。因此，您也可以向乡级或县级以上人民政府提交申请，请求其介入调查并处理此纠纷。

五、法律诉讼途径

如果以上途径均无法解决问题，您还可以考虑通过法律诉讼来维护自己的权益。在提起诉讼前，请务必充分收集相关证据，包括土地权属证明、现场照片、视频、证人证言、沟通记录等，以支持您的诉讼请求。同时，明确您希望通过诉讼达到的目的，如要求对方停止侵权行为、移除树苗、恢复土地原状、赔偿经济损失等。最后，撰写起诉状，将对方列为被告，向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。

六、寻求专业法律帮助

鉴于法律程序的复杂性和专业性，如果您对法律程序不熟悉或需要更具体的法律建议，我强烈建议您寻求律师或其他法律专业人士的帮助。他们可以为您提供具体的法律指导和支持，确保您的权益得到有效维护。

综上所述，面对擅自拔除别人在自家农田种植的树苗这一问题，我建议您首先通过协商和沟通来解决问题；如果无法解决，再考虑寻求第三方调解、行政途径或法律诉讼等方式来维护自己的权益。在整个过程中，请务必注重证据的收集和保留，并寻求专业法律帮助以确保您的权益得到有效维护。