结论前置：公司从员工工资中扣除工会费是否合法，需根据具体情况判断。若员工自愿加入工会并同意代扣，且公司按照法定程序操作，则此行为合法；反之，未经员工同意或未履行法定程序，则属于非法扣除。

合法性条件分析

1. 员工自愿加入工会：

   • 根据《中国工会章程》的规定，员工在加入工会时，应自愿缴纳会费。这是工会经费的重要来源之一，体现了会员对工会组织的支持。
   • 公司在员工自愿成为工会会员后，按照规定标准代扣工会会费是合法的，但前提是必须得到员工的明确同意。

2. 法定程序要求：

   • 公司必须经过法定程序，如通过职工代表大会等民主程序，向员工明确说明工会会费的扣缴依据、标准和用途等相关事项。
   • 保障员工的知情权是合法代扣的前提。公司应确保员工在充分了解并同意的情况下，才从其工资中代扣工会会费。

3. 扣除标准合理：

   • 工会会费的缴纳标准通常按照会员本人每月工资收入的特定比例计算，如0.5%。具体比例可能因地区或行业而有所不同，但应在合理范围内。
   • 公司应确保扣除的工会会费标准符合规定，不得擅自提高收费标准或扩大收费范围。

非法扣除情形及后果

1. 非法扣除情形：

   • 若员工未加入工会，公司擅自从工资中扣除工会费，属于违法行为。
   • 若公司扣除工会费的标准不符合规定，或未按照法定民主程序告知员工，同样构成非法扣除。

2. 法律后果：

   • 非法扣除工会费可能引发劳动纠纷，导致公司面临法律责任。员工有权向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁等途径维护自身合法权益。
   • 非法扣除的工会费若被追回，将给公司造成经济损失。同时，长期非法扣除可能影响公司的声誉和信誉。

工会经费的正确缴纳与用途

• 缴纳方式：工会会员应按月向工会组织缴纳会费，缴纳比例为本人每月工资收入的0.5%；同时，公司应按每月全部职工工资总额的2%向工会拨缴经费。
• 经费用途：工会经费主要用于为职工服务和开展工会活动，如职工教育、文体活动、福利发放等。经费使用的具体办法由中华全国总工会制定。

员工权益保障建议

• 如果员工对工会费扣除存在疑问或争议，应先与公司的工会组织或人力资源部门进行沟通，了解扣缴的具体情况和依据。
• 若沟通无果，员工有权向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁等途径维护自身合法权益。在此过程中，员工应保留好相关证据，如工资条、扣缴通知等，以便在需要时提供证明。

总结：公司从员工工资中扣除工会费是否合法，取决于员工是否自愿加入工会、公司是否履行法定程序以及扣除标准是否符合规定等因素。公司和员工都应遵守相关法律法规，确保工会费的缴纳与使用合法合规。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关劳动部门以获取准确指导。