电动自行车发生事故后没有发票，不一定会被扣车，是否扣车需结合具体情况判断。以下分情况详细说明：

1. 事故责任认定与车辆合法性无关时
   若事故责任明确（如一方明显违规导致碰撞），且电动自行车本身符合国家标准（如时速≤25km/h、有脚踏骑行功能等），即使没有发票，交警通常不会仅因发票缺失扣车。此时发票仅作为车辆来源的辅助证明，不影响事故责任划分。

2. 车辆涉嫌非法改装或来源不明时
   若电动自行车存在超标、改装（如解除限速、加装电池等），或无法提供合法来源证明（如发票、合格证），交警可能以“涉嫌非法车辆”为由扣车，并要求车主提供购车凭证、车辆合格证等材料以证明车辆合法性。若无法提供，车辆可能被暂扣直至补全手续或依法处理。

3. 事故涉及人员伤亡或重大财产损失时
   在严重事故中，交警为调查事故原因（如车辆性能是否达标、是否存在机械故障等），可能暂扣车辆进行技术鉴定。此时发票缺失可能延长扣车时间，因需通过其他方式（如车辆识别码查询生产信息）确认车辆合法性及性能标准。

建议行动：

• 若发票丢失，可尝试联系销售商补开发票或获取购车凭证（如收据、转账记录）；
  
• 若车辆合法但被扣，可向交警说明情况并提供车辆合格证、生产厂家信息等证明材料；
  
• 若车辆存在改装或超标，建议主动配合调查，避免因隐瞒事实加重责任。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的应对措施。