在制定公司跟司机签订的运输协议时，确实需要细致考虑多个方面以确保协议的合法性和有效性，同时保护双方的权益。以下是一些关键注意事项：

1. 明确双方身份与基本信息：

   • 协议中应清晰列出公司（作为托运人）和司机（作为承运人）的全称、地址、联系方式等基本信息，确保双方身份明确无误。

2. 运输货物的详细描述：

   • 详细描述运输货物的名称、性质、数量、重量、体积、包装方式等，以便在发生争议时能够准确判断货物的状况。

3. 运输路线与时间：

   • 明确运输的起止地点、路线以及预计的运输时间，包括装货、运输、卸货的具体时间节点，确保运输过程有明确的时间规划。

4. 运输费用与支付方式：

   • 详细规定运输费用的计算方式（如按重量、体积、距离等）、金额以及支付方式（如预付、到付、分期支付等），并明确支付时间和条件，避免费用纠纷。

5. 货物保险与责任承担：

   • 明确货物在运输过程中的保险责任归属，以及因各种原因（如事故、延误、丢失等）导致货物损失时的责任承担方式和赔偿标准。

6. 违约责任与争议解决：

   • 详细规定双方违约时的责任承担方式，包括违约金、赔偿损失等。同时，明确争议解决的方式（如协商、调解、仲裁或诉讼）以及管辖法院或仲裁机构，以便在发生争议时能够迅速解决。

7. 协议变更与解除条件：

   • 规定协议变更和解除的条件和程序，确保双方在需要变更或解除协议时能够按照约定进行，避免不必要的法律纠纷。

8. 保密条款：

   • 如果运输过程中涉及商业秘密或敏感信息，应在协议中加入保密条款，明确双方对保密信息的保护义务和违约责任。

9. 法律适用与条款效力：

   • 明确协议适用的法律法规，以及协议条款的效力范围（如是否适用于关联公司、子公司等），确保协议的合法性和有效性。

10. 签字与盖章：

    • 协议最后应由双方签字或盖章确认，以证明双方对协议内容的认可和接受。同时，建议保留协议的原件或复印件作为备份。

示例说明： 假设公司A与司机B签订了一份运输协议，协议中明确规定了运输货物的名称、数量、运输路线、时间、费用以及违约责任等条款。在运输过程中，由于司机B的疏忽导致货物损坏，根据协议中的责任承担条款，司机B需要承担相应的赔偿责任。这样，在发生争议时，双方就可以依据协议中的条款进行协商或诉讼解决。

在制定运输协议时，务必确保协议内容全面、具体、明确，并符合相关法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。