结论前置：已经履行完毕的合同在某些特定情况下确实可以被认定为无效。合同的有效性并不完全取决于其是否已经被履行，而是主要基于合同本身是否符合法律规定的有效要件。以下是对此问题的详细分析：

合同无效的认定依据

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，具备以下情形的合同将被认定为无效：

1. 无民事行为能力人签订的合同：例如，未满八周岁的未成年人签订的重大价值商品买卖合同，即使已履行，也属无效。因为无民事行为能力人无法独立实施有效的民事法律行为。

2. 虚假意思表示签订的合同：如为逃避债务而签订的虚假买卖合同，无论是否履行，均属无效。因为虚假的意思表示无法产生法律上的约束力。

3. 违反法律、行政法规强制性规定的合同：例如，未取得建设工程规划许可证签订的建设工程施工合同，即便工程已完工，也可能因违法而无效。因为违反法律强制性规定的合同，自始不具有法律效力。

4. 违背公序良俗的合同：如以开设赌场为目的签订的场地租赁合同，因其违背社会公德和伦理道德，应被认定无效。公序良俗是法律维护社会秩序和公共利益的重要原则。

5. 恶意串通损害他人合法权益的合同：如招标人与投标人恶意串通损害其他投标人利益而签订的合同，属无效合同。因为恶意串通损害他人利益的行为，违反了法律的公平和诚实信用原则。

已履行完毕合同被认定无效后的处理

合同一旦被认定无效，则自始没有法律约束力，双方需按以下原则处理：

• 返还财产：因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或无需返还的，应折价补偿。例如，在无效的买卖合同中，买方已支付货款，卖方已交付货物，合同被认定无效后，卖方应返还货款，买方应返还货物。

• 赔偿损失：有过错的一方应赔偿对方因此遭受的损失。例如，在建设工程施工合同无效的情形下，若发包方因未取得相关审批手续导致合同无效，且存在过错，则需对承包方因合同无效所遭受的损失（如施工设备闲置费、人员窝工费等）进行赔偿。若双方均有过错，则各自承担相应的责任。

实际操作中的注意事项

1. 证据收集：在主张合同无效时，需要收集充分的证据来证明合同存在无效情形。例如，证明对方是无民事行为能力人、虚假意思表示、违反法律强制性规定等。

2. 法律程序：合同无效的认定通常需要通过法律程序来实现，如向法院提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，需要遵循法律程序和规定，提交相关证据和材料。

3. 风险防范：在签订合同时，应严格遵守法律法规和公序良俗原则，确保合同的有效性。同时，在合同履行过程中，也应密切关注合同履行情况，及时发现并处理可能存在的问题。

实际案例分析

以建设工程施工合同为例，假设某发包方在未取得建设工程规划许可证的情况下与承包方签订了施工合同，并已开始施工。后来，因违反法律法规的强制性规定，该合同被法院认定为无效。在此情况下：

• 发包方需承担因其违法行为导致的合同无效后果，包括停止施工、恢复场地原状，并赔偿承包方因此产生的所有合理费用，如施工人员工资、设备租赁费等。
• 若承包方在签订合同时已知发包方未取得相关审批手续，但仍选择继续施工，则承包方也存在一定过错，应承担部分损失责任，如分担部分停工期间的损失。

总结与建议：已经履行完毕的合同并不绝对排除其被认定为无效的可能性。在判断合同是否有效时，需综合考虑合同内容、签订时的情境及合同履行后的影响等因素。若存在任何导致合同无效的情形，即使合同已完全履行，也可依法被认定为无效，并据此进行相应的法律处理。因此，在签订合同时应严格遵守法律法规和公序良俗原则，确保合同的有效性。如果对某个具体合同的情况有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。