结论：公司主体消失后，原则上仍可对公司主体存续期间的违法事实进行处罚，但具体能否执行处罚会受到公司注销情况、股东或相关责任人责任承担等因素的影响。
一、公司主体消失与违法事实处罚的基本原则
公司独立法律主体地位：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司是企业法人，具有独立的法律主体地位。这意味着公司在存续期间以其全部财产对公司的债务和责任承担责任。
- 当公司主体消失（如注销）时，其法律主体地位随之终止，但并不意味着其存续期间的违法事实可以逃避法律制裁。
违法事实的追溯性：
- 违法事实是客观存在的，不会因公司主体的消失而消失。行政机关或司法机关有权对公司存续期间的违法事实进行调查和处罚。
二、公司注销后违法事实处罚的具体情况
公司正常注销：
- 如果公司在注销前已经依法进行了清算，并清偿了所有债务和责任，那么理论上公司注销后，其违法事实的处罚应针对公司本身，但由于公司已不存在，处罚可能无法直接执行。
- 然而，如果违法事实涉及公司股东或相关责任人的个人行为，如滥用公司法人独立地位、逃避债务等，那么这些股东或相关责任人可能需要承担个人责任，包括行政处罚或刑事责任。
公司非正常注销（如逃废债务）：
- 如果公司通过非正常手段注销（如未依法清算、逃废债务等），那么行政机关或司法机关在发现违法事实后，仍可对公司进行处罚，并可能追究公司股东或相关责任人的连带责任。
- 在这种情况下，即使公司主体已经消失，但股东或相关责任人的个人财产仍可能被用于执行处罚。
三、股东或相关责任人的责任承担
股东有限责任的例外：
- 根据《中华人民共和国公司法》第二十条，公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。
- 这意味着，如果股东在公司存续期间存在违法行为，导致公司债权人利益受损，那么即使公司注销，股东仍可能需要承担个人责任。
相关责任人的责任：
- 除了股东外，公司的董事、监事、高级管理人员等也可能因公司违法事实而承担个人责任。这些责任可能包括行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
四、实际操作中的考虑因素
证据收集与保存：
- 在对公司存续期间的违法事实进行处罚时，关键在于证据的收集和保存。行政机关或司法机关需要确保有足够的证据证明违法事实的存在以及相关责任人的身份。
处罚的执行难度：
- 公司注销后，处罚的执行可能面临一定难度。特别是当公司财产已经分配完毕或股东难以追踪时，处罚的执行可能受到阻碍。然而，这并不意味着违法事实可以逃避法律制裁，行政机关或司法机关仍会尽力追究相关责任人的责任。
五、建议与总结
对于公司而言：
- 在存续期间应严格遵守法律法规，避免违法行为的发生。如果确实存在违法行为，应积极配合行政机关或司法机关的调查和处理，以减轻可能的处罚后果。
对于股东或相关责任人而言：
- 应了解并遵守公司法及相关法律法规的规定，避免滥用公司法人独立地位和股东有限责任等行为。如果公司存在违法行为，应主动承担责任并配合调查和处理工作。
总结：公司主体消失后，原则上仍可对公司主体存续期间的违法事实进行处罚。但具体能否执行处罚会受到公司注销情况、股东或相关责任人责任承担等因素的影响。因此，在公司存续期间应严格遵守法律法规，避免违法行为的发生；如果确实存在违法行为，应积极配合调查和处理工作以减轻可能的处罚后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。