结论：起诉立案后，即使债务人偿还了本金，债权人仍有权选择不撤诉，继续追讨滞纳金，但具体是否撤诉需根据案件具体情况和债权人的意愿来决定。
分析说明：
诉讼权利与撤诉决定：
- 债权人提起诉讼是其依法享有的诉讼权利，旨在通过法律途径维护自身合法权益，包括追讨本金和滞纳金等。
- 撤诉是债权人在诉讼过程中，基于自身考虑（如债务人已部分履行债务、双方达成和解等）而作出的决定。撤诉并非债权人的法定义务，而是其诉讼权利的一部分。
本金与滞纳金的性质：
- 本金是债务人应偿还给债权人的原始债务金额。
- 滞纳金则是因债务人未按时偿还本金而产生的额外费用，通常作为对债务人违约行为的惩罚和补偿。
- 偿还本金并不等同于偿还了所有债务，滞纳金作为债务的一部分，仍需债务人承担。
不撤诉的法律依据与后果：
- 债权人选择不撤诉，继续追讨滞纳金，是依法行使诉讼权利的表现。法院将根据双方提供的证据和法律规定，对案件进行审理并作出判决。
- 如果法院认定债务人应支付滞纳金，且债务人未履行该义务，债权人可以申请强制执行，要求债务人支付滞纳金及相关费用。
实际操作中的考虑因素：
- 债权人应评估继续追讨滞纳金的成本与收益，包括诉讼费用、时间成本以及可能获得的滞纳金金额等。
- 债权人也可以考虑与债务人进行协商，寻求和解或分期偿还等方案，以降低诉讼风险并尽快解决纠纷。
行动建议：
- 如果您作为债权人，在起诉立案后债务人仅偿还了本金而未偿还滞纳金，您有权选择不撤诉并继续追讨滞纳金。但在此之前，建议您评估继续追讨的成本与收益，并考虑与债务人进行协商以寻求更合理的解决方案。
- 如果您作为债务人，在起诉立案后已偿还本金但无力偿还滞纳金，建议您主动与债权人沟通，说明情况并寻求和解或分期偿还等方案。同时，您也可以咨询专业律师，了解自身在诉讼中的权利和义务，以便更好地应对诉讼风险。
特殊场景提醒：
- 在某些特殊情况下，如双方已达成和解协议或债务人已提供充分担保等，债权人可能会考虑撤诉。但撤诉前应确保和解协议或担保措施具有法律效力和可执行性，以避免后续纠纷。
- 如果债权人选择不撤诉并继续追讨滞纳金，债务人应积极应诉并配合法院审理工作。同时，债务人也可以提出反诉或抗辩等法律手段来维护自身合法权益。