发现商家声称不合法化妆品为员工或自用时，您可以通过以下途径来应对和解决这一问题：

1. 核实商家说法：

   • 首先，您可以要求商家提供相关证据来证明这些化妆品确实是员工自用或非销售用途。例如，员工的使用记录、购买凭证（如果是员工自购）、或者商家内部的库存管理记录等。
   • 如果商家无法提供充分证据，或者证据存在疑点，那么商家声称的“员工或自用”可能只是逃避法律责任的借口。

2. 收集证据：

   • 在与商家交涉的同时，您应尽可能收集有关这些不合法化妆品的证据。这包括但不限于化妆品的照片、包装、标签信息、购买凭证（如果有的话）、以及您与商家的沟通记录等。
   • 这些证据将有助于您后续向相关部门投诉或提起法律诉讼时证明商家的违法行为。

3. 向相关部门投诉：

   • 您可以向当地的市场监督管理部门或食品药品监督管理部门投诉商家的违法行为。这些部门有权对商家进行调查，并根据调查结果采取相应的行政处罚措施。
   • 在投诉时，您应提供详细的证据和情况说明，以便相关部门能够准确了解问题的严重性和商家的违法行为。

4. 考虑法律诉讼：

   • 如果商家的违法行为给您造成了实际损失（如健康损害、经济损失等），您还可以考虑通过法律诉讼来维护自己的权益。
   • 在提起诉讼前，您应咨询专业律师（虽然这里我本身就是律师，但强调一下咨询的重要性，实际情况下您可直接向我提问），了解诉讼的可行性和可能的结果。律师将帮助您准备诉讼材料，并代表您在法庭上陈述事实和理由。

5. 关注后续处理：

   • 无论您选择向相关部门投诉还是提起法律诉讼，都应关注后续的处理结果。如果商家被认定存在违法行为，您应确保相关部门对其采取了适当的处罚措施，并关注您是否获得了应有的赔偿或补偿。

法律背景与建议：

• 根据相关法律法规，商家销售不合法化妆品是违法行为，可能面临行政处罚甚至刑事责任。同时，如果商家的违法行为给消费者造成了损害，消费者还有权要求商家承担民事赔偿责任。
• 在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，不要与商家发生不必要的冲突。通过合法途径来维护自己的权益是最有效的方式。

可能法律后果：

• 如果商家被证实销售不合法化妆品，可能面临罚款、没收违法所得、吊销营业执照等行政处罚。
• 如果商家的行为构成犯罪（如生产、销售伪劣产品罪等），还可能面临刑事责任追究。
• 作为消费者，如果因使用不合法化妆品而受到损害，您有权要求商家承担医疗费用、误工费、精神损害赔偿等民事责任。

如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。