结论：关于“三年以上案件是否可以不起诉”的问题，不能一概而论，需要分情况讨论。这主要取决于案件的性质、犯罪情节、犯罪嫌疑人的态度以及法律规定等因素。以下我将从几个主要角度进行详细分析。

1. 刑事案件中的不起诉情形：

   • 法定不起诉：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，如果犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者符合刑事诉讼法第十六条规定的情形之一（如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的等），人民检察院应当作出不起诉决定。这种情况下，无论案件已经持续多久，只要符合法定条件，就可以不起诉。
   • 酌定不起诉：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。这通常涉及对犯罪嫌疑人犯罪情节、悔罪表现、社会危害性等方面的综合考量。如果案件已经持续三年以上，但犯罪情节轻微且符合酌定不起诉的条件，人民检察院也有可能决定不起诉。
   • 证据不足不起诉：如果经过二次补充侦查，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这种情况下，案件的持续时间并不是决定不起诉的关键因素，而是证据的充分性和证明力。

2. 民事案件中的“不起诉”或撤诉情形：

   • 在民事案件中，通常不涉及“不起诉”的概念，而是涉及原告是否撤诉或法院是否驳回起诉等问题。如果原告在案件持续三年以上的情况下，认为继续诉讼无意义或出于其他考虑，可以选择撤诉。此外，如果法院认为原告的起诉不符合法定条件（如缺乏管辖权、原告不适格等），也可能驳回起诉。

3. 行政案件中的特殊情况：

   • 在行政案件中，如果行政相对人认为行政行为侵犯其合法权益，可以在法定期限内提起行政诉讼。如果案件已经持续三年以上，但行政相对人未提起诉讼或法院未作出判决，这并不直接导致“不起诉”的结果。然而，如果行政行为在诉讼过程中被撤销或变更，或者行政相对人选择和解、撤诉等方式解决争议，那么案件可能以非判决方式终结。

法律建议：

• 对于刑事案件，如果案件已经持续三年以上且您认为符合不起诉的条件，建议及时咨询专业律师，了解具体案情和法律规定，以便采取合适的法律策略。
• 对于民事和行政案件，如果您考虑撤诉或和解等方式解决争议，也应咨询专业律师，评估各种方案的利弊和风险。

可能后果：

• 如果人民检察院决定不起诉，犯罪嫌疑人将不会被追究刑事责任，但可能面临行政处罚或其他非刑事责任。
• 如果原告在民事案件中撤诉或法院驳回起诉，原告将失去通过诉讼解决争议的机会，但可能寻求其他非诉讼方式解决争议。

总之，三年以上案件是否可以不起诉取决于多种因素，包括案件性质、犯罪情节、法律规定等。如果您面临此类问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体和专业的法律建议。