针对侵占的公司财务全部退还后的处理方式，可以从法律程序和公司内部管理两个角度进行分析：
一、法律程序角度
刑事责任方面：
- 如果侵占行为已经构成职务侵占罪，即使财务已经全部退还，公司仍然有权向公安机关报案，要求依法追究侵占者的刑事责任。不过，在量刑时，退赃行为可能会作为一个从轻或减轻处罚的情节予以考虑。
- 根据《中华人民共和国刑法（2023修正）》第二百七十一条，职务侵占罪的量刑标准与侵占数额有关，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
民事责任方面：
- 公司有权要求侵占者赔偿因侵占行为造成的经济损失，包括直接损失和间接损失。即使财务已经退还，但如果侵占行为导致了公司其他方面的损失（如商誉损失、业务中断损失等），公司仍然可以要求赔偿。
- 在民事赔偿方面，公司可以与侵占者进行协商，达成赔偿协议；如果协商不成，公司可以向法院提起诉讼，要求侵占者承担民事责任。
二、公司内部管理角度
内部调查与处理：
- 公司应组成由人力资源、法务及相关业务部门人员构成的调查小组，对侵占行为进行全面调查，确保调查的专业性和公正性。
- 根据调查结果，公司可以依据内部规章制度对侵占者进行处理，如警告、记过、降职、辞退等。如果侵占行为严重违反了公司规章制度或给公司造成了重大损害，公司可以依法解除与侵占者的劳动合同。
完善内部管理：
- 公司应借此机会审视并完善内部管理机制，特别是财务管理和内部控制方面，防止类似事件再次发生。
- 可以加强员工培训，提高员工的法律意识和职业道德水平，增强员工对公司的忠诚度和责任感。
后续监督与预防：
- 公司应建立有效的监督机制，对关键岗位和敏感业务进行定期审计和检查，确保公司财务的安全和合规。
- 可以考虑引入第三方审计机构进行定期审计，提高审计的独立性和客观性。
具体处理流程建议：
- 收集证据：包括监控录像、财物流转记录、证人证言等，以证明侵占行为的存在和具体情节。
- 内部调查：组成调查小组进行全面调查，与侵占者面谈并做好谈话记录。
- 依据规章制度处理：根据调查结果和公司规章制度作出处理决定，并以书面形式呈现。
- 通知工会（如设有）：将处理决定事先通知工会并听取其意见。
- 送达处理通知：确保侵占者收到处理通知书并签字确认；若拒绝签收，保留相关证据。
- 立案调查与追究法律责任（如必要）：向公安机关报案并立案调查；如构成犯罪，向司法机关提起诉讼。
- 要求赔偿：与公司协商赔偿事宜或向法院提起诉讼要求赔偿。
总结与建议：
侵占公司财务全部退还后，公司仍需从法律程序和公司内部管理两个角度进行全面处理。在法律程序方面，公司应依法追究侵占者的刑事责任和民事责任；在公司内部管理方面，公司应加强内部调查、完善管理机制并加强后续监督与预防。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。