遇到交警检查时，持有协议牌照的摩托车应按照以下步骤处理，核心结论是：积极配合检查，确保手续合法合规，避免因程序问题引发法律风险。具体展开如下：

1. 主动配合检查，保持冷静
   交警设卡检查时，应立即减速并靠边停车，主动出示驾驶证、行驶证（或协议牌照相关文件）及身份证，配合交警指令。若因紧张或操作不当引发误会（如突然加速、拒不配合），可能被认定为“阻碍执法”，面临行政处罚（如警告、罚款或拘留）。

2. 核实协议牌照的合法性

   • 若协议牌照为合法备案手续（如地方性过渡政策允许的临时牌照、特定区域使用的备案标识）：需确认牌照是否在有效期内，且与车辆信息（车架号、发动机号）一致。若牌照过期或信息不符，可能被认定为“无牌驾驶”，面临扣车、罚款（200-2000元）甚至拘留的处罚。
     
   • 若协议牌照为非正规手续（如自行打印、伪造或非官方认可的标识）：需立即向交警说明情况，避免使用虚假证件。根据《道路交通安全法》第96条，伪造、变造牌照可处15日以下拘留、2000-5000元罚款，并扣留车辆。

3. 特殊情形处理

   • 车辆未年检或保险过期：即使有协议牌照，若车辆未通过年检或保险失效，仍可能被扣车并处罚款（年检逾期罚款200元、扣3分；无保险罚款双倍保费并扣车）。
     
   • 驾驶人资质问题：若驾驶证与准驾车型不符（如持C1证驾驶摩托车），或驾驶证被暂扣、吊销期间驾驶，均属“无证驾驶”，面临200-2000元罚款、15日以下拘留，并可能吊销其他准驾车型资格。

4. 争议或异议处理
   若对交警的处罚决定有异议（如认为牌照合法但被误判），可当场要求交警出具《行政处罚决定书》，并在收到决定书后60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院提起行政诉讼。复议或诉讼期间，处罚一般不停止执行，但可申请暂缓执行（需提供担保）。

温馨提示：协议牌照的合法性因地区政策而异，建议提前通过当地车管所或交警部门官网核实牌照效力。若涉及复杂情形（如牌照争议、处罚异议），可进一步向我咨询具体法律程序。